9eye

A-SPECTRIN SH3 DOMAIN V9L, A11V, L31V, V44I, V53I MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 40.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1

Gallus gallus

UniProt P07751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 AAA; UniProt 965–1025 突变:V9L, A11V, L31V, V44I, V53I GOL GLYCEROL × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;2.0M Ammonium Sulfate and 0.1M TRIS pH: 6.5 分辨率 1.13 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTN1_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 AAA; PDB构建体 2–62; UniProt 965–1025

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9eye

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9eye
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9eye
沉积日期 deposition_date2024-04-09
结构标题 titleA-SPECTRIN SH3 DOMAIN V9L, A11V, L31V, V44I, V53I MUTANT
关键词 keywordsThree-dimensional structure, SH3 domain, Cell signaling, Src-family, Hydrophobic-core mutations, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron10.69
零角强度 I(0) i01196900.00
分子量 molecular_weight7183.0 kDa
排除体积 excluded_volume9008 ų
包络体积 envelope_volume9945 ų
水化壳体积 shell_volume8085 ų
包络直径 envelope_diameter38.6
壳层 Rg shell_rg16.21
包络 Rg envelope_rg11.17
形状 Rg shape_rg10.64
总 Rg total_rg12.35
总原子数 total_atoms503
残基数 n_residues59
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.6
Rg (实空间) rg_real12.19
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.23
I(0) (实空间) i0_real1.1970e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3830e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1197000.0000
解质量估计 total_estimate0.8652
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.9
偏度 Skewness skewness0.138
峰度 Kurtosis kurtosis-0.206
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha428500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.752; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)