9f3g

;Human carbonic anhydrase XII with 3-(cyclooctylamino)-2,6-difluoro-5-((4-hydroxybutyl)amino)-4-((3-hydroxypropyl)sulfonyl)benzenesulfonamide ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 111.0 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f3g
沉积日期 deposition_date	2024-04-25
结构标题 title	;Human carbonic anhydrase XII with 3-(cyclooctylamino)-2,6-difluoro-5-((4-hydroxybutyl)amino)-4-((3-hydroxypropyl)sulfonyl)benzenesulfonamide ;
关键词 keywords	DRUG DESIGN, CARBONIC ANHYDRASE, BENZENESULFONAMIDE, LYASE; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.74 Å
零角强度 I(0) i0	446151000.00
分子量 molecular_weight	113920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109970 Å³
包络体积 envelope_volume	187200 Å³
水化壳体积 shell_volume	45505 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.9 Å
壳层 Rg shell_rg	41.13 Å
包络 Rg envelope_rg	33.45 Å
形状 Rg shape_rg	33.74 Å
总 Rg total_rg	34.11 Å
总原子数 total_atoms	8607
残基数 n_residues	1045
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.0 Å
Rg (实空间) rg_real	34.11 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4620e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	446200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9002
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.225
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.589
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	105000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.946

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Carbonic anhydrase 12
分子量 formula_weight	29917.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	10167

MSKWTYFGPDGENSWSKKYPSCGGLLQSPIDLHSDILQYDASLTPLEFQGYNLSANKQFLLTNNGHSVKLNLPSDMHIQGLQSRYSATQLHLHWGNPNDPHGSEHTVSGQHFAAELHIVHYNSDLYPDASTASNKSEGLAVLAVLIEMGSFNPSYDKIFSHLQHVKYKGQEAFVPGFNIEELLPERTAEYYRYRGSLTTPPCNPTVLWTVFRNPVQISQEQLLALETALYCTHMDDPSPREMINNFRQVQKFDERLVYTSFSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	3-(cyclooctylamino)-2,6-bis(fluoranyl)-5-(4-oxidanylbutylamino)-4-[(~{E})-3-oxidanylprop-1-enyl]sulfonyl-benzenesulfonamide
分子量 formula_weight	527.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1125

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.501 Å
晶胞边长 b length_b	74.116 Å
晶胞边长 c length_c	91.632 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.83 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.210 Å
最低分辨率 resolution_low	86.730 Å
R 因子 r_factor	0.1400
R_work r_work	0.1369
R_free r_free	0.1676

fit	/app/data/saxs_computation/f3/9f3g/9f3g.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f3/9f3g/9f3g.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f3/9f3g/9f3g.dat