SAXSdb — 9f79

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 5

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 201–405 链 B； UniProt 201–405	未记录	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta × 2 （P09064）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；0.4 M (NH4)2SO4, 0.08 M Li2SO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9F79	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2FUL Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 241–405（165 aa）片段：residues 236-412	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2FUL Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 241–405（165 aa）片段：residues 236-412	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2FUL Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 241–405（165 aa）片段：residues 236-412	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2FUL Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 241–405（165 aa）片段：residues 236-412	未记录	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2FUL Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 241–405（165 aa）片段：residues 236-412	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
2FUL Crystal Structure of the C-terminal Domain of S. cerevisiae eIF5 提交 2006-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 241–405（165 aa）片段：residues 236-412	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；2.8M (NH4)2SO4, 0.1M MES pH6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
6ZU9 Structure of a yeast ABCE1-bound 48S initiation complex 提交 2020-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 41 PDB 声明：44-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.20 Å
8S8J Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF5) 提交 2024-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 m 1–405（405 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–210； UniProt 201–405 作者链 B； PDB构建体 6–210； UniProt 201–405

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P09064

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 39–106	未记录	Eukaryotic translation initiation factor 5 × 4 （P38431）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；283 K；0.4 M (NH4)2SO4, 0.08 M Li2SO4	分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9F79	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J81 CryoEM structure of a partial yeast 48S preinitiation complex 提交 2014-08-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 3 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2.5 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)	分辨率 4.00 Å
3JAP Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT；pH 6.5；20 mM MES-KOH, 40 mM potassium acetate, 10 mM ammonium acetate, 8 mM magnesium acetate, 2 mM DTT cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging；120 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2.5 to 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).	分辨率 4.90 Å
6FYX Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C1) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6FYY Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex with eIF5 N-terminal domain (model C2) 提交 2018-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 5 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
6GSM Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in open conformation. 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 l 127–270（144 aa）	未记录	7NO [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-2-(phosphonooxymethyl)oxolan-3-yl] (2~{S})-2-azanyl-4-methylsulfanyl-butanoate × 1 MG MAGNESIUM ION × 82 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6GSN Structure of a partial yeast 48S preinitiation complex in closed conformation 提交 2018-06-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 44 PDB 声明：47-meric	链 l 127–270（144 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 81 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.75 Å
6I3M eIF2B:eIF2 complex, phosphorylated on eIF2 alpha serine 52. 提交 2018-11-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–285（285 aa）链 N 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging	分辨率 3.93 Å
6I7T eIF2B:eIF2 complex 提交 2018-11-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 M 1–285（285 aa）链 N 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions for sample preparation were made fresh, filter sterilized, and degassed. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 1 second before plunging	分辨率 4.61 Å
6QG0 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 1) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–285（285 aa）链 P 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.15 Å
6QG1 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model 2) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–285（285 aa）链 P 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.25 Å
6QG2 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model A) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–285（285 aa）链 P 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
6QG3 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model B) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–285（285 aa）链 P 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.40 Å
6QG5 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model C) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–285（285 aa）链 P 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.10 Å
6QG6 Structure of eIF2B-eIF2 (phosphorylated at Ser51) complex (model D) 提交 2019-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：hexadecameric	链 O 1–285（285 aa）链 P 1–285（285 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.40 Å
8RW1 Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation 提交 2024-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.35 Å
8S8D Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
8S8E Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
8S8F Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-3.2) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
8S8G Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8S8H Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.2) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：41-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 116 ZN ZINC ION × 3 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
8S8I Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 117 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8S8J Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-eIF5) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 39 PDB 声明：42-meric	链 l 1–285（285 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 4 MET METHIONINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8S8K Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in swivelled conformation (model py48S-AUC-swiv-eIF1) 提交 2024-03-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：43-meric	链 l 1–270（270 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 96 ZN ZINC ION × 4 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MET METHIONINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IF2B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–73； UniProt 39–106

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9f79
沉积日期 deposition_date	2024-05-03
结构标题 title	Crystal structure of the S. cerevisiae eIF2beta N-terminal tail bound to the C-terminal domain of eIF5
关键词 keywords	Translation, Eukaryotic translation initiation factor, Complex, eIF5, W2 domain, eIF2 beta; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.57 Å
零角强度 I(0) i0	41397000.00
分子量 molecular_weight	50495.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63623 Å³
包络体积 envelope_volume	90391 Å³
水化壳体积 shell_volume	27732 Å³
包络直径 envelope_diameter	114.9 Å
壳层 Rg shell_rg	33.61 Å
包络 Rg envelope_rg	29.66 Å
形状 Rg shape_rg	28.53 Å
总 Rg total_rg	29.28 Å
总原子数 total_atoms	3556
残基数 n_residues	447
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.5280e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8340
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.421
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.085
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5096000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.853; Smooth: 0.937

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 5
分子量 formula_weight	23934.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3824

GPLGSELSRQIKAAASTLEDIEVKDDEWAVDMSEEAIRARAKELEVNSELTQLDEYGEWILEQAGEDKENLPSDVELYKKAAELDVLNDPKIGCVLAQCLFDEDIVNEIAEHNAFFTKILVTPEYEKNFMGGIERFLGLEHKDLIPLLPKILVQLYNNDIISEEEIMRFGTKSSKKFVPKEVSKKVRRAAKPFITWLETAESDDDEEDDE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
分子量 formula_weight	7681.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPLGSGSGDDLFAGLKKKKKKSKSVSADAEAEKEPTDDIAEALGELSLKKKKKKTKDSSVDAFEKELAKAGLD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	225

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.180 Å
晶胞边长 b length_b	74.180 Å
晶胞边长 c length_c	224.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 1 2
空间群编号 int_tables_number	153
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	37.400 Å
R 因子 r_factor	0.2077
R_work r_work	0.2067
R_free r_free	0.2277

fit	/app/data/saxs_computation/f7/9f79/9f79.fit
pddf	/app/data/pr_computation/f7/9f79/9f79.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/f7/9f79/9f79.dat

Crystal structure of the S. cerevisiae eIF2beta N-terminal tail bound to the C-terminal domain of eIF5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic translation initiation factor 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)