9faz

Gcase in complex with small molecule inhibitor 1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 85.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9faz
沉积日期 deposition_date	2024-05-10
结构标题 title	Gcase in complex with small molecule inhibitor 1
关键词 keywords	Glycosidase, cholesterol metabolism, steroid metabolism, glycosyl transferase, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.99 Å
零角强度 I(0) i0	52651200.00
分子量 molecular_weight	57734.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72688 Å³
包络体积 envelope_volume	81874 Å³
水化壳体积 shell_volume	28956 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.1 Å
壳层 Rg shell_rg	30.85 Å
包络 Rg envelope_rg	23.49 Å
形状 Rg shape_rg	22.97 Å
总 Rg total_rg	23.94 Å
总原子数 total_atoms	4201
残基数 n_residues	498
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	85.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.4990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.03 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8520
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.320
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.272
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	15650000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.702; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (10)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysosomal acid glucosylceramidase
分子量 formula_weight	61162.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.45,2.4.1.-,3.2.1.-,3.2.1.46
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4695

MEFSSPSREECPKPLSRVSIMAGSLTGLLLLQAVSWASGARPCIPKSFGYSSVVCVCNATYCDSFDPPTFPALGTFSRYESTRSGRRMELSMGPIQANHTGTGLLLTLQPEQKFQKVKGFGGAMTDAAALNILALSPPAQNLLLKSYFSEEGIGYNIIRVPMASCDFSIRTYTYADTPDDFQLHNFSLPEEDTKLKIPLIHRALQLAQRPVSLLASPWTSPTWLKTNGAVNGKGSLKGQPGDIYHQTWARYFVKFLDAYAEHKLQFWAVTAENEPSAGLLSGYPFQCLGFTPEHQRDFIARDLGPTLANSTHHNVRLLMLDDQRLLLPHWAKVVLTDPEAAKYVHGIAVHWYLDFLAPAKATLGETHRLFPNTMLFASEACVGSKFWEQSVRLGSWDRGMQYSHSIITNLLYHVVGWTDWNLALNPEGGPNWVRNFVDSPIIVDITKDTFYKQPMFYHLGHFSKFIPEGSQRVGLVASQKNDLDAVALMHPDGSAVVVVLNRSSKDVPLTIKDPAVGFLETISPGYSIHTYLWRRQHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

Entity 6 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	~{N}-[(2~{R})-2-azanyl-2-phenyl-ethyl]-3,5-bis(fluoranyl)-~{N}-methyl-benzenesulfonamide
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	470

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.762 Å
晶胞边长 b length_b	74.975 Å
晶胞边长 c length_c	68.373 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.630 Å
最低分辨率 resolution_low	66.670 Å
R 因子 r_factor	0.1603
R_work r_work	0.1586
R_free r_free	0.1946

fit	/app/data/saxs_computation/fa/9faz/9faz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fa/9faz/9faz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fa/9faz/9faz.dat