SAXSdb — 9fe2

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fe2
沉积日期 deposition_date	2024-05-17
结构标题 title	Crystallographic structure of AcrB V612W with bound minocycline
关键词 keywords	Drug efflux, RND transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.08 Å
零角强度 I(0) i0	236724000.00
分子量 molecular_weight	129510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	164140 Å³
包络体积 envelope_volume	218220 Å³
水化壳体积 shell_volume	49174 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.4 Å
壳层 Rg shell_rg	41.91 Å
包络 Rg envelope_rg	39.13 Å
形状 Rg shape_rg	39.07 Å
总 Rg total_rg	39.27 Å
总原子数 total_atoms	9115
残基数 n_residues	1194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	136.7 Å
Rg (实空间) rg_real	39.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.23 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0900e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	236700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8398
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.547
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.280
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.881; Smooth: 0.910

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DARPIN
分子量 formula_weight	18317.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	9499

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGRDDEVRILMANGADVNAADVVGWTPLHLAAYWGHLEIVEVLLKNGADVNAYDTLGSTPLHLAAHFGHLEIVEVLLKNGADVNAKDDNGITPLHLAANRGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISINNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Multidrug efflux pump subunit AcrB
分子量 formula_weight	114823.4 kDa
突变 mutation	V612W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAILKLPVAQYPTIAPPAVTISASYPGADAKTVQDTVTQVIEQNMNGIDNLMYMSSNSDSTGTVQITLTFESGTDADIAQVQVQNKLQLAMPLLPQEVQQQGVSVEKSSSSFLMVVGVINTDGTMTQEDISDYVAANMKDAISRTSGVGDVQLFGSQYAMRIWMNPNELNKFQLTPVDVITAIKAQNAQVAAGQLGGTPPVKGQQLNASIIAQTRLTSTEEFGKILLKVNQDGSRVLLRDVAKIELGGENYDIIAEFNGQPASGLGIKLATGANALDTAAAIRAELAKMEPFFPSGLKIVYPYDTTPFVKISIHEVVKTLVEAIILVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFAVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVDDAIVVVENVERVMAEEGLPPKEATRKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFVPMAFFGGSTGAIYRQFSITIVSAMALSVLVALILTPALCATMLKPIAKGDHGEGKKGFFGWFNRMFEKSTHHYTDSVGGILRSTGRYLVLYLIIVVGMAYLFVRLPSSFLPDEDQGVFMTMVQLPAGATQERTQKVLNEVTHYYLTKEKNNVESVFAWNGFGFAGRGQNTGIAFVSLKDWADRPGEENKVEAITMRATRAFSQIKDAMVFAFNLPAIVELGTATGFDFELIDQAGLGHEKLTQARNQLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKIDIDQEKAQALGVSINDINTTLGAAWGGSYVNDFIDRGRVKKVYVMSEAKYRMLPDDIGDWYVRAADGQMVPFSAFSSSRWEYGSPRLERYNGLPSMEILGQAAPGKSTGEAMELMEQLASKLPTGVGYDWTGMSYQERLSGNQAPSLYAISLIVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLAATFRGLTNDVYFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKDLMDKEGKGLIEATLDAVRMRLRPILMTSLAFILGVMPLVISTGAGSGAQNAVGTGVMGGMVTATVLAIFFVPVFFVVVRRRFSRKNEDIEHSHTVDHHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE
分子量 formula_weight	457.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	384

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	227.497 Å
晶胞边长 b length_b	227.497 Å
晶胞边长 c length_c	227.497 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	I 2 3
空间群编号 int_tables_number	197
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.890 Å
最低分辨率 resolution_low	46.440 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2224
R_free r_free	0.2436

fit	/app/data/saxs_computation/fe/9fe2/9fe2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fe/9fe2/9fe2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fe/9fe2/9fe2.dat

Crystallographic structure of AcrB V612W with bound minocycline

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)