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STRUCTURE OF ALDO-KETO REDUCTASE 1C3 (AKR1C3) IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR MEDS765

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 89.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ffd
沉积日期 deposition_date	2024-05-23
结构标题 title	STRUCTURE OF ALDO-KETO REDUCTASE 1C3 (AKR1C3) IN COMPLEX WITH AN INHIBITOR MEDS765
关键词 keywords	aldo-keto reductase, AKR1C3, inhibitor, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.65 Å
零角强度 I(0) i0	90601800.00
分子量 molecular_weight	74849.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93631 Å³
包络体积 envelope_volume	111900 Å³
水化壳体积 shell_volume	32623 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.93 Å
包络 Rg envelope_rg	28.62 Å
形状 Rg shape_rg	28.64 Å
总 Rg total_rg	29.38 Å
总原子数 total_atoms	10472
残基数 n_residues	630
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.0600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	90600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8976
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.314
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.662
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.878

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Aldo-keto reductase family 1 member C3
分子量 formula_weight	36896.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.-,1.1.1.210,1.1.1.53,1.1.1.62,1.1.1.357,1.1.1.188,1.1.1.239,1.1.1.64
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10900

MDSKQQCVKLNDGHFMPVLGFGTYAPPEVPRSKALEVTKLAIEAGFRHIDSAHLYNNEEQVGLAIRSKIADGSVKREDIFYTSKLWSTFHRPELVRPALENSLKKAQLDYVDLYLIHSPMSLKPGEELSPTDENGKVIFDIVDLCTTWEAMEKCKDAGLAKSIGVSNFNRRQLEMILNKPGLKYKPVCNQVECHPYFNRSKLLDFCKSKDIVLVAYSALGSQRDKRWVDPNSPVLLEDPVLCALAKKHKRTPALIALRYQLQRGVVVLAKSYNEQRIRQNVQVFEFQLTAEDMKAIDGLDRNLHYFNSDSFASHPNYPYSDEY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	~{N}-(4-bromanyl-2-methyl-phenyl)-2-[methyl-[(8-methyl-7-oxidanyl-2-oxidanylidene-chromen-4-yl)methyl]amino]ethanamide
分子量 formula_weight	445.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	349

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	46.228 Å
晶胞边长 b length_b	48.791 Å
晶胞边长 c length_c	83.314 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	74.12 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.60 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	34.510 Å
R 因子 r_factor	0.1626
R_work r_work	0.1608
R_free r_free	0.1965

fit	/app/data/saxs_computation/ff/9ffd/9ffd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ff/9ffd/9ffd.pr.out
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