9fhg

Crystallographic structure of AcrB V612N in LTO state

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fhg
沉积日期 deposition_date	2024-05-27
结构标题 title	Crystallographic structure of AcrB V612N in LTO state
关键词 keywords	Drug efflux, RND transporter, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.16 Å
零角强度 I(0) i0	1810130000.00
分子量 molecular_weight	369170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	468120 Å³
包络体积 envelope_volume	622040 Å³
水化壳体积 shell_volume	104860 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.4 Å
壳层 Rg shell_rg	55.19 Å
包络 Rg envelope_rg	46.32 Å
形状 Rg shape_rg	47.18 Å
总 Rg total_rg	47.40 Å
总原子数 total_atoms	25972
残基数 n_residues	3418
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1811000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8805
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.176
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.429
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	317600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.765

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Multidrug efflux pump subunit AcrB
分子量 formula_weight	114751.3 kDa
突变 mutation	V612N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	25972

MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAILKLPVAQYPTIAPPAVTISASYPGADAKTVQDTVTQVIEQNMNGIDNLMYMSSNSDSTGTVQITLTFESGTDADIAQVQVQNKLQLAMPLLPQEVQQQGVSVEKSSSSFLMVVGVINTDGTMTQEDISDYVAANMKDAISRTSGVGDVQLFGSQYAMRIWMNPNELNKFQLTPVDVITAIKAQNAQVAAGQLGGTPPVKGQQLNASIIAQTRLTSTEEFGKILLKVNQDGSRVLLRDVAKIELGGENYDIIAEFNGQPASGLGIKLATGANALDTAAAIRAELAKMEPFFPSGLKIVYPYDTTPFVKISIHEVVKTLVEAIILVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFAVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVDDAIVVVENVERVMAEEGLPPKEATRKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFVPMAFFGGSTGAIYRQFSITIVSAMALSVLVALILTPALCATMLKPIAKGDHGEGKKGFFGWFNRMFEKSTHHYTDSVGGILRSTGRYLVLYLIIVVGMAYLFVRLPSSFLPDEDQGVFMTMVQLPAGATQERTQKVLNEVTHYYLTKEKNNVESVFANNGFGFAGRGQNTGIAFVSLKDWADRPGEENKVEAITMRATRAFSQIKDAMVFAFNLPAIVELGTATGFDFELIDQAGLGHEKLTQARNQLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKIDIDQEKAQALGVSINDINTTLGAAWGGSYVNDFIDRGRVKKVYVMSEAKYRMLPDDIGDWYVRAADGQMVPFSAFSSSRWEYGSPRLERYNGLPSMEILGQAAPGKSTGEAMELMEQLASKLPTGVGYDWTGMSYQERLSGNQAPSLYAISLIVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLAATFRGLTNDVYFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKDLMDKEGKGLIEATLDAVRMRLRPILMTSLAFILGVMPLVISTGAGSGAQNAVGTGVMGGMVTATVLAIFFVPVFFVVVRRRFSRKNEDIEHSHTVDHHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DARPIN
分子量 formula_weight	18317.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGRDDEVRILMANGADVNAADVVGWTPLHLAAYWGHLEIVEVLLKNGADVNAYDTLGSTPLHLAAHFGHLEIVEVLLKNGADVNAKDDNGITPLHLAANRGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISINNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	145.810 Å
晶胞边长 b length_b	161.396 Å
晶胞边长 c length_c	245.408 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.500 Å
R 因子 r_factor	0.2268
R_work r_work	0.2239
R_free r_free	0.2827

fit	/app/data/saxs_computation/fh/9fhg/9fhg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fh/9fhg/9fhg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fh/9fhg/9fhg.dat

Crystallographic structure of AcrB V612N in LTO state

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)