SAXSdb — 9fik

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurotrophin-3

Homo sapiens

UniProt P20783

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 139–257	未记录	NTF30037 Heavy Chain × 1 NTF30037 Light Chain × 1 GOL GLYCEROL × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；15 % w/v Polyethylene glycol 8,000, 0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M MES pH 6.5	分辨率 1.86 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9FIK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B8K Neurotrophin-3 from Human 提交 1999-02-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 139–257（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；CRYSTALLIZATION CONDITIONS: 7% ISOPROPANOL 185 MM NACITRATE PH 5.6	分辨率 2.15 Å R-free 0.302
1BND STRUCTURE OF THE BRAIN-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR(SLASH)NEUROTROPHIN 3 HETERODIMER 提交 1994-12-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 139–257（119 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BND STRUCTURE OF THE BRAIN-DERIVED NEUROTROPHIC FACTOR(SLASH)NEUROTROPHIN 3 HETERODIMER 提交 1994-12-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 139–257（119 aa）	未记录	IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1NT3 HUMAN NEUROTROPHIN-3 提交 1999-05-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 139–257（119 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM AMMONIUM SULFATE, 32% PEG 400, 100 MM MES AT PH 5.6, pH 7.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.263
3BUK Crystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex 提交 2008-01-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 139–257（119 aa）链 B 139–257（119 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；290 K；0.9M Lithium Sulfate, 0.05M Na Citrate, 0.7M Ammonium Sulfate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 290K	分辨率 2.60 Å R-free 0.288

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTF3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–119； UniProt 139–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fik
沉积日期 deposition_date	2024-05-29
结构标题 title	Structure of the FAB fragment of the Antibody NTF30037 in complex with NTF3
关键词 keywords	NTF3, phage display, X ray crystallography, antibody, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.42 Å
零角强度 I(0) i0	59072500.00
分子量 molecular_weight	59329.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73750 Å³
包络体积 envelope_volume	100710 Å³
水化壳体积 shell_volume	29118 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.29 Å
包络 Rg envelope_rg	31.71 Å
形状 Rg shape_rg	31.36 Å
总 Rg total_rg	31.97 Å
总原子数 total_atoms	4172
残基数 n_residues	545
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.0 Å
Rg (实空间) rg_real	32.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9070e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8259
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.624
峰度 Kurtosis kurtosis	0.096
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5668000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.737; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.781; Smooth: 0.741

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neurotrophin-3
分子量 formula_weight	13778.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4710

YAEHKSHRGEYSVCDSESLWVTDKSSAIDIRGHQVTVLGEIKTGNSPVKQYFYETRCKEARPVKNGCRGIDDKHWNSQCKTSQTYVRALTSENNKLVGWRWIRIDTSCVCALSRKIGRTE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NTF30037 Heavy Chain
分子量 formula_weight	25181.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSNAWMNWVRQAPGKGLEWVGRIKSKTDGGTTDYAAPVKGRFTISRDDSKNTLYLQMNSLKTEDTAVYYCTTSGGLLYGSPSFGDYYGYWMDYWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NTF30037 Light Chain
分子量 formula_weight	22725.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QSVLTQPPSVSVAPGQTARITCGGSSVGRKSVHWYQQSPGQAPVLVVYDDSDRPSGIPERFSGSNSGDTATLTISRVEVGDEADYYCQVWDIDSDHVVFGGGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	477

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.746 Å
晶胞边长 b length_b	108.549 Å
晶胞边长 c length_c	208.217 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	58.680 Å
R 因子 r_factor	0.1862
R_work r_work	0.1862
R_free r_free	0.1862

fit	/app/data/saxs_computation/fi/9fik/9fik.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fi/9fik/9fik.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fi/9fik/9fik.dat

Structure of the FAB fragment of the Antibody NTF30037 in complex with NTF3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neurotrophin-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)