SAXSdb — 9fjd

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fjd
沉积日期 deposition_date	2024-05-31
结构标题 title	Expanded CVB1-VLP (Tween80)
关键词 keywords	coxsackievirus B1, vaccine, Tween80, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.73 Å
零角强度 I(0) i0	93242600.00
分子量 molecular_weight	76341.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95469 Å³
包络体积 envelope_volume	117850 Å³
水化壳体积 shell_volume	34706 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.36 Å
包络 Rg envelope_rg	29.53 Å
形状 Rg shape_rg	28.71 Å
总 Rg total_rg	29.38 Å
总原子数 total_atoms	5365
残基数 n_residues	686
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.5 Å
Rg (实空间) rg_real	29.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3240e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4690e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93240000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8702
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.141
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18230000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.837

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	24943.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	5365

SRSESSIENFLCRAACVYYATYTNNSEKGYAEWVINTRQVAQLRRKLELFTYLRFDLELTFVITSAQQPSTATSVDAPVQTHQIMYVPPGGPVPTKVTDYAWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSCFYDGWTQFSRNGVYGINTLNNMGTLYMRHVNEAGQGPIKSTVRIYFKPKHVKAWVPRPPRLCQYEKQKNVNFTPTGVTTTRVGITT

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	27725.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

RVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPEYLKDNEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVQWMKNSAGWWWKLPDALSQMGLFGQNMQYHYLGRTGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSNLNNTPEFAELSGGDTARMFTDTQIGETNSKKVQTAVWNAGMGVGVGNLTIYPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMFRHNNLTLMIIPFVPLNYSEGSSPYVPITVTIAPMCAEYNGLRLA

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	25486.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMTTPGSTQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEMQIPGRVNNLMEIAEVDSVVPVNNTEANVNSLKAYQIPVQSNSDNGKQVFGFPLQPGANGVLNRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGVPKNRKDAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCVPWISQTHYRYVVEDEYTAAGYITCWYQTNIVVPADVQSSCDILCFVSACNDFSVRMLKDTPFIR

来源 Source

来源生物 organism	Coxsackievirus B1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12071
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.15 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	117738

fit	/app/data/saxs_computation/fj/9fjd/9fjd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fj/9fjd/9fjd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fj/9fjd/9fjd.dat

Expanded CVB1-VLP (Tween80)

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)