SAXSdb — 9fje

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric（180）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 628–847 链 2； UniProt 81–329 链 3； UniProt 333–564	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9FJE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
7X42 Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 8A10 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 2E6) 提交 2022-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
7X42 Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 8A10 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 2E6) 提交 2022-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
7X42 Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 8A10 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 2E6) 提交 2022-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
7X42 Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 8A10 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 2E6) 提交 2022-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
7X42 Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 pre-A-particle in complex with nAb 8A10 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 2E6) 提交 2022-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
7X4K Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3) 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
7X4K Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3) 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
7X4K Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3) 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
7X4K Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3) 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
7X4K Cryo-EM structure of Coxsackievirus B1 empty particle in complex with nAb 9A3 (classified from CVB1 mature virion in complex with 8A10 and 9A3) 提交 2022-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 70–332（263 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
9FJD Expanded CVB1-VLP (Tween80) 提交 2024-05-31	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 1 628–847（220 aa）链 2 81–329（249 aa）链 3 333–564（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.15 Å

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A7T7KAA0_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–220； UniProt 628–847 作者链 2； PDB构建体 1–249； UniProt 81–329 作者链 3； PDB构建体 1–232； UniProt 333–564

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fje
沉积日期 deposition_date	2024-05-31
结构标题 title	Expanded formalin inactivated CVB1
关键词 keywords	coxsackievirus B1, vaccine, formalin, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.73 Å
零角强度 I(0) i0	93060600.00
分子量 molecular_weight	76284.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95409 Å³
包络体积 envelope_volume	117770 Å³
水化壳体积 shell_volume	34681 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.37 Å
包络 Rg envelope_rg	29.54 Å
形状 Rg shape_rg	28.72 Å
总 Rg total_rg	29.39 Å
总原子数 total_atoms	5361
残基数 n_residues	685
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.3 Å
Rg (实空间) rg_real	29.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.3060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	93060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8733
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.455
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.817; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.915

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	24943.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	5361

SRSESSIENFLCRAACVYYATYTNNSEKGYAEWVINTRQVAQLRRKLELFTYLRFDLELTFVITSAQQPSTATSVDAPVQTHQIMYVPPGGPVPTKVTDYAWQTSTNPSVFWTEGNAPPRMSIPFISIGNAYSCFYDGWTQFSRNGVYGINTLNNMGTLYMRHVNEAGQGPIKSTVRIYFKPKHVKAWVPRPPRLCQYEKQKNVNFTPTGVTTTRVGITT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP2
分子量 formula_weight	27725.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

RVRSITLGNSTITTQECANVVVGYGVWPEYLKDNEATAEDQPTQPDVATCRFYTLESVQWMKNSAGWWWKLPDALSQMGLFGQNMQYHYLGRTGYTIHVQCNASKFHQGCLLVVCVPEAEMGCSNLNNTPEFAELSGGDTARMFTDTQIGETNSKKVQTAVWNAGMGVGVGNLTIYPHQWINLRTNNSATIVMPYINSVPMDNMFRHNNLTLMIIPFVPLNYSEGSSPYVPITVTIAPMCAEYNGLRLA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	25486.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMTTPGSTQFLTSDDFQSPSAMPQFDVTPEMQIPGRVNNLMEIAEVDSVVPVNNTEANVNSLKAYQIPVQSNSDNGKQVFGFPLQPGANGVLNRTLLGEILNYYTHWSGSIKLTFMFCGSAMATGKFLLAYSPPGAGVPKNRKDAMLGTHVIWDVGLQSSCVLCVPWISQTHYRYVVEDEYTAAGYITCWYQTNIVVPADVQSSCDILCFVSACNDFSVRMLKDTPFIR

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.01 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1935

fit	/app/data/saxs_computation/fj/9fje/9fje.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fj/9fje/9fje.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fj/9fje/9fje.dat

Expanded formalin inactivated CVB1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)