9fk4

;The structure of glycosynthase XT6 (E265G mutant), the extracellular xylanase of G.proteiniphilus T-6 in complex with xylohexaose-F molecule ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 74.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fk4
沉积日期 deposition_date	2024-06-01
最后修订 last_revision	2025-06-11
结构标题 title	;The structure of glycosynthase XT6 (E265G mutant), the extracellular xylanase of G.proteiniphilus T-6 in complex with xylohexaose-F molecule ;
关键词 keywords	XT6, glycosynthase, hydrolase, Geobacillus proteiniphilus T-6; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.25 Å
零角强度 I(0) i0	62019400.00
分子量 molecular_weight	41496.0 kDa
排除体积 excluded_volume	40218 Å³
包络体积 envelope_volume	62493 Å³
水化壳体积 shell_volume	24262 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.9 Å
壳层 Rg shell_rg	28.51 Å
包络 Rg envelope_rg	21.70 Å
形状 Rg shape_rg	21.24 Å
总 Rg total_rg	21.91 Å
总原子数 total_atoms	3130
残基数 n_residues	375
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.2 Å
Rg (实空间) rg_real	21.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62020000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6321
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	73.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.303
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.310
角度范围 angular_range	— – 0.3600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	68
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.813; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.262; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Endo-1,4-beta-xylanase
分子量 formula_weight	43800.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3654

KNADSYAKKPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNEVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITGLDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK

来源 Source

来源生物 organism	Geobacillus proteiniphilus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	860353
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	;beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-1-fluoro-D-xylopyranose ;
分子量 formula_weight	812.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	502

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	89.406 Å
晶胞边长 b length_b	61.648 Å
晶胞边长 c length_c	110.293 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.47 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	35.950 Å
R 因子 r_factor	0.1586
R_work r_work	0.1570
R_free r_free	0.1883

fit	/app/data/saxs_computation/fk/9fk4/9fk4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fk/9fk4/9fk4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fk/9fk4/9fk4.dat

;The structure of glycosynthase XT6 (E265G mutant), the extracellular xylanase of G.proteiniphilus T-6 in complex with xylohexaose-F molecule ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction