9fnm

Structure of human haptoglobin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 98.7 Å Quality: SUSPICIOUS

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fnm
沉积日期 deposition_date	2024-06-10
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Structure of human haptoglobin
关键词 keywords	acute phase, hemolysis, hemoglobin binding, reactive oxygen specis, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.34 Å
零角强度 I(0) i0	20887900.00
分子量 molecular_weight	35010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43924 Å³
包络体积 envelope_volume	55671 Å³
水化壳体积 shell_volume	21577 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.11 Å
包络 Rg envelope_rg	25.07 Å
形状 Rg shape_rg	23.35 Å
总 Rg total_rg	23.93 Å
总原子数 total_atoms	2465
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4872
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.885
峰度 Kurtosis kurtosis	0.714
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.208; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.270; Smooth: 0.976

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain
分子量 formula_weight	9204.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2558

VDSGNDVTDIADDGCPKPPEIAHGYVEHSVRYQCKNYYKLRTEGDGVYTLNNEKQWINKAVGDKLPECEAVCGKPKNPANPVQ

Entity 2 polymer

描述 description	Haptoglobin beta chain
分子量 formula_weight	27298.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ILGGHLDAKGSFPWQAKMVSHHNLTTGATLINEQWLLTTAKNLFLNHSENATAKDIAPTLTLYVGKKQLVEIEKVVLHPNYSQVDIGLIKLKQKVSVNERVMPICLPSKDYAEVGRVGYVSGWGRNANFKFTDHLKYVMLPVADQDQCIRHYEGSTVPEKKTPKSPVGVQPILNEHTFCAGMSKYQEDTCYGDAGSAFAVHDLEEDTWYATGILSFDKSCAVAEYGVYVKVTSIQDWVQKTIAEN

Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.887 Å
晶胞边长 b length_b	77.639 Å
晶胞边长 c length_c	65.085 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	28.110 Å
R 因子 r_factor	0.1948
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2272

fit	/app/data/saxs_computation/fn/9fnm/9fnm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fn/9fnm/9fnm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fn/9fnm/9fnm.dat

Structure of human haptoglobin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)