SAXSdb — 9fnm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–101 链 B； UniProt 162–406	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；277 K；6% 2-propanol 0.1 M sodium acetate trihydrate 26% PEG MME 550	分辨率 2.52 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9FNM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WJG Structure of T. brucei haptoglobin-hemoglobin receptor binding to human haptoglobin-hemoglobin 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：Decameric	链 C 92–406（315 aa）链 H 92–406（315 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXY OXYGEN MOLECULE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；15% Polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1M Bis-Tris	分辨率 3.10 Å R-free 0.271
4WJG Structure of T. brucei haptoglobin-hemoglobin receptor binding to human haptoglobin-hemoglobin 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：Decameric	链 M 92–406（315 aa）链 R 92–406（315 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXY OXYGEN MOLECULE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；15% Polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1M Bis-Tris	分辨率 3.10 Å R-free 0.271
4WJG Structure of T. brucei haptoglobin-hemoglobin receptor binding to human haptoglobin-hemoglobin 提交 2014-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：Decameric	链 2 92–406（315 aa）链 W 92–406（315 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 OXY OXYGEN MOLECULE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；15% Polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1M Bis-Tris	分辨率 3.10 Å R-free 0.271
4X0L Human haptoglobin-haemoglobin complex 提交 2014-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 148–406（259 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 and 2 M ammonium sulphate	分辨率 2.05 Å R-free 0.224
5HU6 Structure of the T. brucei haptoglobin-haemoglobin receptor bound to human haptolgobin-haemoglobin 提交 2016-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 148–406（259 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；12.5% v/v MPD, 0.03 M NaBr, 0.03M NaI, 0.03M NaF, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.226
6TB2 Structure of human haptoglobin-hemoglobin bound to S. aureus IsdH 提交 2019-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 148–406（259 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 20 % w/v PEG 3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.270
8XMP Structure of CD163 in complex with Hb-Hp 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 2 1–347（347 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CA CALCIUM ION × 23 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.11 Å
8XMQ Structure of dimeric CD163 in complex with Hb-Hp 提交 2023-12-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 2 1–347（347 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 CA CALCIUM ION × 12 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
8XMW Local refinement of Hb-Hp bind to CD163 提交 2023-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 2 1–347（347 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 6 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9FHB Cryo-EM structure of human CD163 SRCR2-4 in complex with haptoglobin-hemoglobin 提交 2024-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–406（406 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.87 Å
9FMU Cryo-EM structure of human CD163 SRCR1-9 in complex with haptoglobin-hemoglobin 提交 2024-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 1–347（347 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.46 Å
9FNO Cryo-EM structure of human CD163 SRCR1-9 in complex with haptoglobin-hemoglobin 提交 2024-06-10	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 19–101（83 aa）链 D 162–406（245 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
9HEJ Dimeric CD163 bound to human haptoglobin-haemoglobin complex 提交 2024-11-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–347（347 aa）链 G 1–347（347 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 9 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.82 Å
9HEK Trimeric CD163 bound to human haptoglobin-haemoglobin complex 提交 2024-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 1–347（347 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 19 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9NB6 Cryo-EM structure of the CD163/Hp(1-1)Hb complex 提交 2025-02-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–347（347 aa）链 G 1–347（347 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 23 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9NB8 Cryo-EM structure of the CD163/HpSPHb complex 提交 2025-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 147–406（260 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 21 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 OXY OXYGEN MOLECULE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

共 14 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HPT_HUMAN
Isoform	P00738-2
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–83； UniProt 19–101 作者链 B； PDB构建体 1–245； UniProt 162–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9fnm
沉积日期 deposition_date	2024-06-10
最后修订 last_revision	2025-02-12
结构标题 title	Structure of human haptoglobin
关键词 keywords	acute phase, hemolysis, hemoglobin binding, reactive oxygen specis, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.34 Å
零角强度 I(0) i0	20887900.00
分子量 molecular_weight	35010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	43924 Å³
包络体积 envelope_volume	55671 Å³
水化壳体积 shell_volume	21577 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.0 Å
壳层 Rg shell_rg	28.11 Å
包络 Rg envelope_rg	25.07 Å
形状 Rg shape_rg	23.35 Å
总 Rg total_rg	23.93 Å
总原子数 total_atoms	2465
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.7 Å
Rg (实空间) rg_real	24.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20890000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4872
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.885
峰度 Kurtosis kurtosis	0.714
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.208; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.270; Smooth: 0.976

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain
分子量 formula_weight	9204.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2558

VDSGNDVTDIADDGCPKPPEIAHGYVEHSVRYQCKNYYKLRTEGDGVYTLNNEKQWINKAVGDKLPECEAVCGKPKNPANPVQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Haptoglobin beta chain
分子量 formula_weight	27298.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

ILGGHLDAKGSFPWQAKMVSHHNLTTGATLINEQWLLTTAKNLFLNHSENATAKDIAPTLTLYVGKKQLVEIEKVVLHPNYSQVDIGLIKLKQKVSVNERVMPICLPSKDYAEVGRVGYVSGWGRNANFKFTDHLKYVMLPVADQDQCIRHYEGSTVPEKKTPKSPVGVQPILNEHTFCAGMSKYQEDTCYGDAGSAFAVHDLEEDTWYATGILSFDKSCAVAEYGVYVKVTSIQDWVQKTIAEN

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	93

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.887 Å
晶胞边长 b length_b	77.639 Å
晶胞边长 c length_c	65.085 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.520 Å
最低分辨率 resolution_low	28.110 Å
R 因子 r_factor	0.1948
R_work r_work	0.1912
R_free r_free	0.2272

fit	/app/data/saxs_computation/fn/9fnm/9fnm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fn/9fnm/9fnm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fn/9fnm/9fnm.dat

Structure of human haptoglobin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of Haptoglobin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)