SAXSdb — 9g0d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[F-actin]-monooxygenase MICAL1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 918–1067	突变：V978A	Ras-related protein Rab-10 × 1 （P61026） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Imidazole pH 8.0, 5% (w/v) PEG 3000 and 30% (v/v) PEG 200	分辨率 2.05 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9G0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WYL Solution structure of the CH domain of human NEDD9 interacting protein with calponin homology and LIM domains 提交 2005-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 510–612（103 aa）片段：CH domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.22mM CH domain U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2CO8 Solution structures of the LIM domain of human NEDD9 interacting protein with calponin homology and LIM domains 提交 2005-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 687–755（69 aa）片段：LIM domain	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1mM LIM domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 0.01mM ZnCl2; 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2DK9 Solution structure of Calponin Homology domain of Human MICAL-1 提交 2006-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 506–614（109 aa）片段：Calponin Homology domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer, 50mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 1.5mM MICAL_1 CH U-15N,13C; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM MICAL_1 CH U-15N; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.5mM MICAL_1 CH U-15N,13C; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.5mM MICAL_1 CH U-15N; 50mM phosphate buffer, 50mM NaCl; 17 mg/mL Pf1 filamentous phage; 90% H2O, 10% D2O \| 17 mg/mL Pf1 filamentous phage; 90% H2O, 10% D2O	分辨率未提供
5LE0 MICAL1 Cterminal domain 提交 2016-06-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 918–1067（150 aa）片段：UNP residues 918-1067	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；290 K；EG	分辨率 3.30 Å R-free 0.306
5LPN Structure of human Rab10 in complex with the bMERB domain of Mical-1 提交 2016-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 918–1067（150 aa）片段：UNP residues 918-1067	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；6%-10% PEG8000 0.1M Imidazole	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
6KU0 Crystal structure of MyoVa-GTD in complex with MICAL1-GTBM 提交 2019-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 799–822（24 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1% w/v Tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
6KU0 Crystal structure of MyoVa-GTD in complex with MICAL1-GTBM 提交 2019-08-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 799–822（24 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1% w/v Tryptone, 0.05M HEPES sodium pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.199
8HLO Crystal structure of ASAP1-SH3 and MICAL1-PRM complex 提交 2022-11-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 828–836（9 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；289.15 K；0.1M HEPES, pH 7.5, 1.4M Sodium citrate tribasic dihydrate	分辨率 1.17 Å R-free 0.142
8Y6K Cryo-EM structure of full-length MICAL1 in the autoinhibited state 提交 2024-02-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1067（1067 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM Tris, pH 7.5, 100 mM NaCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.94 Å
9EWY CryoEM structure of human MICAL1 提交 2024-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–1067（1067 aa）	未记录	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9G0C Structure of human Mical1 bMERB_V978A_V985A domain:Rab10 complex. 提交 2024-07-08	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 918–1067（150 aa）	突变：V978A, V985A	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG 4000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.231

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MICA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–153； UniProt 918–1067

Ras-related protein Rab-10

Homo sapiens

UniProt P61026

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–175	未记录	[F-actin]-monooxygenase MICAL1 × 1 （Q8TDZ2） GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Imidazole pH 8.0, 5% (w/v) PEG 3000 and 30% (v/v) PEG 200	分辨率 2.05 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9G0D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5LPN Structure of human Rab10 in complex with the bMERB domain of Mical-1 提交 2016-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–175（175 aa）链 C 1–175（175 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；6%-10% PEG8000 0.1M Imidazole	分辨率 2.80 Å R-free 0.287
5SZJ Structure of human Rab10 in complex with the bMERB domain of Mical-cL 提交 2016-08-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–200（200 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；18%-22% PEG 3350 0.2-0.3 M Sodium Acetate	分辨率 2.66 Å R-free 0.266
9G0C Structure of human Mical1 bMERB_V978A_V985A domain:Rab10 complex. 提交 2024-07-08	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–175（175 aa）	未记录	GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.17 M Sodium acetate, 0.085 M Tris-HCl pH 8.5, 25.5% (w/v) PEG 4000 and 15% (v/v) glycerol	分辨率 1.80 Å R-free 0.231

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAB10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–177； UniProt 1–175

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9g0d
沉积日期 deposition_date	2024-07-08
最后修订 last_revision	2025-07-02
结构标题 title	Structure of human Mical1 bMERB_V978A domain:Rab10 complex.
关键词 keywords	Mical, Rab GTPase, Complex, F-actin, Oxidation, ENDOCYTOSIS; ENDOCYTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.39 Å
零角强度 I(0) i0	24433500.00
分子量 molecular_weight	37161.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46352 Å³
包络体积 envelope_volume	58925 Å³
水化壳体积 shell_volume	21721 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.16 Å
包络 Rg envelope_rg	26.10 Å
形状 Rg shape_rg	25.39 Å
总 Rg total_rg	25.83 Å
总原子数 total_atoms	2605
残基数 n_residues	316
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	91.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	24430000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7973
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	26.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.779
峰度 Kurtosis kurtosis	0.321
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2268000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.579; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.764; Smooth: 0.860

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	[F-actin]-monooxygenase MICAL1
分子量 formula_weight	17824.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.225,1.6.3.1
突变 mutation	V978A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2641

GHMKEEEMKRFCKAQTIQRRLNEIEAALRELEAEGVKLELALRRQSSSPEQQKKLWVGQLLQLADKKNSLVAEEAELMITVQELNLEEKQWQLDQELRGYMNREENLKTAADRQAEDQVLRKLVDLVNQRDALIRFQEERRLSELALGTGAQG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-10
分子量 formula_weight	20202.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GHMAKKTYDLLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSDDAFNTTFISTIGIDFKIKTVELQGKKIKLQIWDTAGQERFHTITTSYYRGAMGIMLVYDITNGKSFENISKWLRNIDEHANEDVERMLLGNKCDMDDKRVVPKGKGEQIAREHGIRFFETSAKANINIEKAFLTLAEDILRKTP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	36

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.770 Å
晶胞边长 b length_b	49.650 Å
晶胞边长 c length_c	79.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.54 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	36.290 Å
R 因子 r_factor	0.2032
R_work r_work	0.2009
R_free r_free	0.2487

fit	/app/data/saxs_computation/g0/9g0d/9g0d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/9g0d/9g0d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/9g0d/9g0d.dat

Structure of human Mical1 bMERB_V978A domain:Rab10 complex.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

[F-actin]-monooxygenase MICAL1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ras-related protein Rab-10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)