9g3y

Structure of the Native CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 377.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-tubulin complex component

Sus scrofa

UniProt A0A8D1IGH3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–905 链 C; UniProt 1–905 链 E; UniProt 1–905 链 G; UniProt 1–905 链 M; UniProt 1–905 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 A0A8D1IGH3_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–905; UniProt 1–905 作者链 C; PDB构建体 1–905; UniProt 1–905 作者链 E; PDB构建体 1–905; UniProt 1–905 作者链 G; PDB构建体 1–905; UniProt 1–905 作者链 M; PDB构建体 1–905; UniProt 1–905

Gamma-tubulin complex component 3

Sus scrofa

UniProt F1RN46

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–910 链 D; UniProt 1–910 链 F; UniProt 1–910 链 H; UniProt 1–910 链 N; UniProt 1–910 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 F1RN46_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–910; UniProt 1–910 作者链 D; PDB构建体 1–910; UniProt 1–910 作者链 F; PDB构建体 1–910; UniProt 1–910 作者链 H; PDB构建体 1–910; UniProt 1–910 作者链 N; PDB构建体 1–910; UniProt 1–910

Gamma-tubulin complex component

Sus scrofa

UniProt A0A8D1V2H0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–667 链 K; UniProt 1–667 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8D1V2H0_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–667; UniProt 1–667 作者链 K; PDB构建体 1–667; UniProt 1–667

Gamma-tubulin complex component

Sus scrofa

UniProt I3L738

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–1061 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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UniProt名称 I3L738_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–1061; UniProt 1–1061

Tubulin gamma complex associated protein 6

Sus scrofa

UniProt A0A8W4FDV6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–1715 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8W4FDV6_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–1715; UniProt 1–1715

Mitotic spindle organizing protein 1

Sus scrofa

UniProt A0A4X1VBW8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 1–79 链 P; UniProt 1–79 链 Q; UniProt 1–79 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1VBW8_PIG
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 P; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79 作者链 Q; PDB构建体 1–79; UniProt 1–79

Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4

Sus scrofa

UniProt F1RK97

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 1–155 链 W; UniProt 1–155 链 X; UniProt 1–155 链 Y; UniProt 1–155 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 F1RK97_PIG
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 W; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 X; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155 作者链 Y; PDB构建体 1–155; UniProt 1–155

Tubulin gamma chain

Sus scrofa

UniProt A0A287BRH5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–451 链 b; UniProt 1–451 链 c; UniProt 1–451 链 d; UniProt 1–451 链 e; UniProt 1–451 链 f; UniProt 1–451 链 g; UniProt 1–451 链 h; UniProt 1–451 链 i; UniProt 1–451 链 j; UniProt 1–451 链 k; UniProt 1–451 链 l; UniProt 1–451 链 m; UniProt 1–451 链 n; UniProt 1–451 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 × 10 (A0A0A0MRG9) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A287BRH5_PIG
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 b; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 c; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 d; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 e; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 f; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 g; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 h; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 i; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 j; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 k; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 l; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 m; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 n; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

CDK5 regulatory subunit-associated protein 2

Homo sapiens

UniProt A0A0A0MRG9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 45 PDB 声明:45-meric(45) 与蛋白拷贝数一致 链 o; UniProt 1–1663 链 p; UniProt 1–1663 链 q; UniProt 1–1663 链 r; UniProt 1–1663 链 s; UniProt 1–1663 链 t; UniProt 1–1663 链 u; UniProt 1–1663 链 v; UniProt 1–1663 链 w; UniProt 1–1663 链 x; UniProt 1–1663 未记录 Gamma-tubulin complex component × 5 (A0A8D1IGH3) Gamma-tubulin complex component 3 × 5 (F1RN46) Gamma-tubulin complex component × 2 (A0A8D1V2H0) Gamma-tubulin complex component × 1 (I3L738) Tubulin gamma complex associated protein 6 × 1 (A0A8W4FDV6) Mitotic spindle organizing protein 1 × 3 (A0A4X1VBW8) Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 × 4 (F1RK97) Tubulin gamma chain × 14 (A0A287BRH5) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 6.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A0A0MRG9_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 o; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 p; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 q; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 r; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 s; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 t; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 u; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 v; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 w; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663 作者链 x; PDB构建体 1–1663; UniProt 1–1663

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9g3y

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9g3y
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9g3y
沉积日期 deposition_date2024-07-12
结构标题 titleStructure of the Native CMG-decorated gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
关键词 keywordsTubulin Complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron112.50
零角强度 I(0) i027121000000.00
分子量 molecular_weight1153300.0 kDa
排除体积 excluded_volume1329300 ų
包络体积 envelope_volume4059200 ų
水化壳体积 shell_volume307770 ų
包络直径 envelope_diameter321.5
壳层 Rg shell_rg113.50
包络 Rg envelope_rg100.10
形状 Rg shape_rg112.50
总 Rg total_rg112.50
总原子数 total_atoms118940
残基数 n_residues16637
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax377.0
Rg (实空间) rg_real116.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.62
I(0) (实空间) i0_real2.7120e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.2460e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal115.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27310000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8663
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary134.6
偏度 Skewness skewness0.151
峰度 Kurtosis kurtosis-0.384
角度范围 angular_range— – 0.0700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9796
最高正则化参数 α highest_alpha883500000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 0.902; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.001

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)