SAXSdb — 9gib

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gib
沉积日期 deposition_date	2024-08-19
结构标题 title	NMDA bound to compound 380
关键词 keywords	ion transport ligand gated ion channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.75 Å
零角强度 I(0) i0	61676500.00
分子量 molecular_weight	61835.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77618 Å³
包络体积 envelope_volume	93868 Å³
水化壳体积 shell_volume	31117 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.49 Å
包络 Rg envelope_rg	25.08 Å
形状 Rg shape_rg	24.70 Å
总 Rg total_rg	25.79 Å
总原子数 total_atoms	8621
残基数 n_residues	556
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.4 Å
Rg (实空间) rg_real	25.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.1680e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2580e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	61680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8863
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.265
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.314
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	13640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.843; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.988

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor
分子量 formula_weight	31939.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9019

GSPDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTRFNQRGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICHN

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Isoform 1 of Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	33264.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid
分子量 formula_weight	321.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	398

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.972 Å
晶胞边长 b length_b	90.036 Å
晶胞边长 c length_c	123.174 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.948 Å
最低分辨率 resolution_low	72.700 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2032
R_free r_free	0.2564

fit	/app/data/saxs_computation/gi/9gib/9gib.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gi/9gib/9gib.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gi/9gib/9gib.dat

NMDA bound to compound 380

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)