9gnj

Crystal structure of a PP2A B56gamma double phosphorylated BRCA2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 95.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gnj
沉积日期 deposition_date	2024-09-03
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Crystal structure of a PP2A B56gamma double phosphorylated BRCA2 complex
关键词 keywords	Complex, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.35 Å
零角强度 I(0) i0	23650400.00
分子量 molecular_weight	40002.0 kDa
排除体积 excluded_volume	51208 Å³
包络体积 envelope_volume	62677 Å³
水化壳体积 shell_volume	22115 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.7 Å
壳层 Rg shell_rg	30.58 Å
包络 Rg envelope_rg	26.00 Å
形状 Rg shape_rg	25.33 Å
总 Rg total_rg	26.09 Å
总原子数 total_atoms	2825
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	95.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.06 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.94 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3650e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.99 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23650000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7909
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.595
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.106
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6086000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.567; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.596; Smooth: 0.982

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
分子量 formula_weight	41366.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2825

GIRDVPPADQEKLFIQKLRQCCVLFDFVSDPLSDLKWKEVKRAALSEMVEYITHNRNVITEPIYPEVVHMFAVNMFRTLPPSSNPTGAEFDPEEDEPTLEAAWPHLQLVYEFFLRFLESPDFQPNIAKKYIDQKFVLQLLELFDSEDPRERDFLKTTLHRIYGKFLGLRAYIRKQINNIFYRFIYETEHHNGIAELLEILGSIINGFALPLKEEHKIFLLKVLLPLHKVKSLSVYHPQLAYCVVQFLEKDSTLTEPVVMALLKYWPKTHSPKEVMFLNELEEILDVIEPSEFVKIMEPLFRQLAKCVSSPHFQVAERALYYWNNEYIMSLISDNAAKILPIMFPSLYRNSKT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	BRCA2
分子量 formula_weight	1553.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TELSTILEESGSQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	53.300 Å
晶胞边长 b length_b	108.120 Å
晶胞边长 c length_c	120.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	49.290 Å
R 因子 r_factor	0.1984
R_work r_work	0.1967
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/gn/9gnj/9gnj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/9gnj/9gnj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/9gnj/9gnj.dat

Crystal structure of a PP2A B56gamma double phosphorylated BRCA2 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)