9gpn

The FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 11b/j

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP5

Homo sapiens

UniProt Q13451

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 16–140 突变:A19T, C103A, C107I A1INN 3-cyclohexyl-1,19-dimethoxy-11,16-dioxa-19lambda4-polona-1,13-diaza-2lambda5-polonapentacyclo[16.4.0.04,9.013,19.020,25]docosane-2,12-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol 分辨率 1.80 Å R-free 0.263
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 16–140 突变:A19T, C103A, C107I A1INN 3-cyclohexyl-1,19-dimethoxy-11,16-dioxa-19lambda4-polona-1,13-diaza-2lambda5-polonapentacyclo[16.4.0.04,9.013,19.020,25]docosane-2,12-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;14% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES-NaOH pH 7.5, 10% glycol 分辨率 1.80 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、202 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FKBP5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–128; UniProt 16–140 作者链 B; PDB构建体 4–128; UniProt 16–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9gpn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9gpn
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9gpn
沉积日期 deposition_date2024-09-09
结构标题 titleThe FK1 domain of FKBP51 in complex with the macrocyclic SAFit analog 11b/j
关键词 keywordsFKBP, Inhibitor, SAFIT, Macrocycle, Complex, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.63
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.62
零角强度 I(0) i012081400.00
分子量 molecular_weight27546.0 kDa
排除体积 excluded_volume35057 ų
包络体积 envelope_volume41795 ų
水化壳体积 shell_volume17487 ų
包络直径 envelope_diameter70.1
壳层 Rg shell_rg26.10
包络 Rg envelope_rg20.54
形状 Rg shape_rg20.64
总 Rg total_rg21.34
总原子数 total_atoms3895
残基数 n_residues256
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.8
Rg (实空间) rg_real21.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.2080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal12080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8908
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.9
偏度 Skewness skewness0.313
峰度 Kurtosis kurtosis-0.548
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2392000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)