SAXSdb — 9gyr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin-1, chloroplastic

Spinacia oleracea

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 51–147	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Na K phosphate pH 7-8 2.6-3.6 M Ammonium sulfate	分辨率 1.10 Å R-free 0.144
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 51–147	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Na K phosphate pH 7-8 2.6-3.6 M Ammonium sulfate	分辨率 1.10 Å R-free 0.144
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 51–147	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Na K phosphate pH 7-8 2.6-3.6 M Ammonium sulfate	分辨率 1.10 Å R-free 0.144
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 51–147	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Na K phosphate pH 7-8 2.6-3.6 M Ammonium sulfate	分辨率 1.10 Å R-free 0.144

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9GYR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A70 SPINACH FERREDOXIN 提交 1998-03-19	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	突变：E92K	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.6M AMMONIUM SULPHATE IN 50MM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.200
29KI Spinach Ferredoxin I, Reduced, -400 mV 提交 2026-03-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7.8；277 K；3.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium phosphate pH 7.8, 5% Glycerol	分辨率 1.11 Å R-free 0.194
9GYD Ferredoxin Wild-type -As-isolated state 提交 2024-10-01	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100 mM Na, K phosphate, 2.6-3.6 M Ammonium phosphate	分辨率 0.92 Å R-free 0.138
9GYL Ferredoxin Wild-type -Oxidised state 提交 2024-10-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Na K Phosphate pH 7-8, 26-36 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.19 Å R-free 0.178
9GYN Ferredoxin Wild-type - Reduced state 提交 2024-10-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100 mM Na, K phosphate, 2.6-3.6 M Ammonium phosphate	分辨率 1.00 Å R-free 0.156
9GYU Ferredoxin CNF-labelled reduced state 提交 2024-10-03	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Na K Phosphate pH 7-8 2.6-3.6 M Ammonium Sulphate	分辨率 1.10 Å R-free 0.173
9HI3 C-terminal domain of pectobacterial FusB in complex with spinach ferredoxin 1 提交 2024-11-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.05M HEPES,0.05M MOPS pH 7.5, 2M divalent cations (0.005M Manganese(II) chloride, 0.005M Cobalt(II) chloride , 0.005M Nickel(II) chloride, 0.005M Zinc acetate), 0.1 M monosaccharides (0.2 M xylitol, 0.2 M D-fructose, 0.2 M D-sorbitol, 0.2 M myo-inositol, 0.2 M L-rhamnose monohydrate), 20% PEGMME550, 10% PEG 20k	分辨率 1.70 Å R-free 0.205
9TXE Spinach Ferredoxin I, Oxidised 提交 2026-01-15	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；3.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium phosphate pH 7.8, 5% Glycerol	分辨率 0.95 Å R-free 0.178
9TXO Spinach Ferredoxin I, Re-Oxidised 提交 2026-01-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；277 K；3.5M Ammonium Sulfate, 0.1M Sodium phosphate pH 7.8, 5% Glycerol	分辨率 1.20 Å R-free 0.216
9TXQ Spinach Ferredoxin I, Reduced with Methyl Viologen at -450mV 提交 2026-01-16	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 51–147（97 aa）	未记录	FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；277 K；3.5M Ammonium sulfate, 0.1M Sodium phosphate pH 7.8, 5% Glycerol	分辨率 1.10 Å R-free 0.185

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FER1_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–105； UniProt 51–147 作者链 B； PDB构建体 9–105； UniProt 51–147 作者链 C； PDB构建体 9–105； UniProt 51–147 作者链 D； PDB构建体 9–105； UniProt 51–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9gyr
沉积日期 deposition_date	2024-10-02
结构标题 title	Ferredoxin CNF labelled, oxidised state
关键词 keywords	Metalloprotein Iron-sulfur cluster Electron transfer, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.15 Å
零角强度 I(0) i0	37734200.00
分子量 molecular_weight	44384.0 kDa
排除体积 excluded_volume	54029 Å³
包络体积 envelope_volume	71475 Å³
水化壳体积 shell_volume	24130 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.56 Å
包络 Rg envelope_rg	25.02 Å
形状 Rg shape_rg	25.22 Å
总 Rg total_rg	25.66 Å
总原子数 total_atoms	5884
残基数 n_residues	400
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	37730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7756
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.230
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.335
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9255000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.713; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ferredoxin-1, chloroplastic
分子量 formula_weight	11282.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	6711

GPLGSPEFAAYKVTLVTPTGNVEFQCPDDVYILDAAEEEGIDLPFSCRAGSCSSCAGKLKTGSLNQDDQSFLDDDQIDEGWVLTCAAYPVSDVTIETHKEEELTA

来源 Source

来源生物 organism	Spinacia oleracea
通用名 common_name	spinach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	740

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.834 Å
晶胞边长 b length_b	61.532 Å
晶胞边长 c length_c	58.843 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.100 Å
最低分辨率 resolution_low	39.420 Å
R 因子 r_factor	0.1439
R_work r_work	0.1308
R_free r_free	0.1442

fit	/app/data/saxs_computation/gy/9gyr/9gyr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gy/9gyr/9gyr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gy/9gyr/9gyr.dat

Ferredoxin CNF labelled, oxidised state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ferredoxin-1, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction