SAXSdb — 9h0m

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h0m
沉积日期 deposition_date	2024-10-08
最后修订 last_revision	2025-10-29
结构标题 title	Structure of avian Pit54 SRCR 1-2 in complex with hemoglobin
关键词 keywords	Acute phase protein, Hemoglobin scavenging, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.60 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.47 Å
零角强度 I(0) i0	760485000.00
分子量 molecular_weight	224920.0 kDa
排除体积 excluded_volume	280080 Å³
包络体积 envelope_volume	388210 Å³
水化壳体积 shell_volume	69802 Å³
包络直径 envelope_diameter	184.6 Å
壳层 Rg shell_rg	49.14 Å
包络 Rg envelope_rg	48.09 Å
形状 Rg shape_rg	48.40 Å
总 Rg total_rg	48.72 Å
总原子数 total_atoms	15794
残基数 n_residues	2000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.8 Å
Rg (实空间) rg_real	49.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.01 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.6050e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	759900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8149
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.656
峰度 Kurtosis kurtosis	0.179
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	50630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.674; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.925; Smooth: 0.641

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit alpha-A
分子量 formula_weight	15453.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,I
原子数 atom_count	15794

MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHFDLSHGSAQIKGHGKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPAALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR

Entity 2 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit beta
分子量 formula_weight	16489.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,H,J

MVHWTAEEKQLITGLWGKVNVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAILGNPMVRAHGKKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFSQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFSKDFTPECQAAWQKLVRVVAHALARKYH

Entity 3 polymer

描述 description	PIT54 protein
分子量 formula_weight	54905.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L

MKGGFRIEGRSQGCGDFSNTMPLGCMSCFLPAVFSVTNMRFILLPCLWASLAGVLLAEDVDTSTAEVRLVDGPNRCSGRVEVLHNDVWGTVCDEGWDLREARVVCRQLGCGTALSSPKKSKYGEGKGQIWLSDLDCKGTEGSLSNCKSKPWGENICNHVEDASVECSGTEIPEPGPLRLVGGPNRCAGRVEVLHEEQWGSVCHDEWDINDAQVVCKQLGCGDAVLAPIAAKFGRGTDTIWLDDVNCTGSEASLSECQARPWGDHNCYHGEDASAICSDSGISISTSVRLVGGPNRCSGRVEVLHNNVWGTVCDDNWDLREAKVVCKQLGCGTALSALPESKYGEGKGQIWLSDLNCTGTEGSLTECEAKPWGENVCNHVEDASVECSETDISEIGPVRLVDGPNQCAGRVEVFHENRWGSVCDDNWDMKDAKVVCKQVGCGSPLSALGSARYGRGPDVIWLDDVNCEGTEESIFDCKARPWGEHNCYHGEDASVFCTVNKNLEETETS

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.534 Å
晶胞边长 b length_b	157.592 Å
晶胞边长 c length_c	175.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	58.680 Å
R 因子 r_factor	0.2026
R_work r_work	0.2014
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/h0/9h0m/9h0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h0/9h0m/9h0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h0/9h0m/9h0m.dat

Structure of avian Pit54 SRCR 1-2 in complex with hemoglobin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 branched

Entity 5 branched

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)