9h0m

Structure of avian Pit54 SRCR 1-2 in complex with hemoglobin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha-A

物种未注明

UniProt P01994

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 2	Hemoglobin subunit beta × 2 （P02112） PIT54 protein × 2 （A0A8V0XEL0） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Hemoglobin subunit beta × 2 （P02112） PIT54 protein × 2 （A0A8V0XEL0） alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBA_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 C； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 G； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 I； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Hemoglobin subunit beta

物种未注明

UniProt P02112

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 2	Hemoglobin subunit alpha-A × 2 （P01994） PIT54 protein × 2 （A0A8V0XEL0） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Hemoglobin subunit alpha-A × 2 （P01994） PIT54 protein × 2 （A0A8V0XEL0） alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HBB_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 D； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 H； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147 作者链 J； PDB构建体 1–147； UniProt 1–147

PIT54 protein

Gallus gallus

UniProt A0A8V0XEL0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 2	Hemoglobin subunit alpha-A × 2 （P01994） Hemoglobin subunit beta × 2 （P02112） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致
2	其他组合	异源复合物	蛋白 6 其他聚合物 1	Hemoglobin subunit alpha-A × 2 （P01994） Hemoglobin subunit beta × 2 （P02112） alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 CALCIUM ION × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A8V0XEL0_CHICK
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–508； UniProt 1–508 作者链 F； PDB构建体 1–508； UniProt 1–508 作者链 K； PDB构建体 1–508； UniProt 1–508 作者链 L； PDB构建体 1–508； UniProt 1–508

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h0m
沉积日期 deposition_date	2024-10-08
最后修订 last_revision	2025-10-29
结构标题 title	Structure of avian Pit54 SRCR 1-2 in complex with hemoglobin
关键词 keywords	Acute phase protein, Hemoglobin scavenging, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9h0m__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9h0m__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9h0m__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.91 Å
Rg（电子密度）	32.80 Å
总 Rg	33.51 Å
原子数	7816
残基数	996
排除体积	138610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9h0m__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9h0m__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit alpha-A
分子量 formula_weight	15453.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,G,I
原子数 atom_count	15794

MVLSAADKNNVKGIFTKIAGHAEEYGAETLERMFTTYPPTKTYFPHFDLSHGSAQIKGHGKKVVAALIEAANHIDDIAGTLSKLSDLHAHKLRVDPVNFKLLGQCFLVVVAIHHPAALTPEVHASLDKFLCAVGTVLTAKYR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemoglobin subunit beta
分子量 formula_weight	16489.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,H,J

MVHWTAEEKQLITGLWGKVNVAECGAEALARLLIVYPWTQRFFASFGNLSSPTAILGNPMVRAHGKKVLTSFGDAVKNLDNIKNTFSQLSELHCDKLHVDPENFRLLGDILIIVLAAHFSKDFTPECQAAWQKLVRVVAHALARKYH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PIT54 protein
分子量 formula_weight	54905.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,K,L

MKGGFRIEGRSQGCGDFSNTMPLGCMSCFLPAVFSVTNMRFILLPCLWASLAGVLLAEDVDTSTAEVRLVDGPNRCSGRVEVLHNDVWGTVCDEGWDLREARVVCRQLGCGTALSSPKKSKYGEGKGQIWLSDLDCKGTEGSLSNCKSKPWGENICNHVEDASVECSGTEIPEPGPLRLVGGPNRCAGRVEVLHEEQWGSVCHDEWDINDAQVVCKQLGCGDAVLAPIAAKFGRGTDTIWLDDVNCTGSEASLSECQARPWGDHNCYHGEDASAICSDSGISISTSVRLVGGPNRCSGRVEVLHNNVWGTVCDDNWDLREAKVVCKQLGCGTALSALPESKYGEGKGQIWLSDLNCTGTEGSLTECEAKPWGENVCNHVEDASVECSETDISEIGPVRLVDGPNQCAGRVEVFHENRWGSVCDDNWDMKDAKVVCKQVGCGSPLSALGSARYGRGPDVIWLDDVNCEGTEESIFDCKARPWGEHNCYHGEDASVFCTVNKNLEETETS

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	732.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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晶胞边长 a length_a	101.534 Å
晶胞边长 b length_b	157.592 Å
晶胞边长 c length_c	175.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.640 Å
最低分辨率 resolution_low	58.680 Å
R 因子 r_factor	0.2026
R_work r_work	0.2014
R_free r_free	0.2380

Structure of avian Pit54 SRCR 1-2 in complex with hemoglobin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Hemoglobin subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PIT54 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9h0m__assembly_2__model_1

9h0m__assembly_2__model_1 | I(q)

9h0m__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of avian Pit54 SRCR 1-2 in complex with hemoglobin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemoglobin subunit alpha-A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Hemoglobin subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PIT54 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9h0m__assembly_2__model_1

9h0m__assembly_2__model_1 | I(q)

9h0m__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)