9h1d

Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with dual ACE/NEP inhibitor AD015

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 81.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h1d
沉积日期 deposition_date	2024-10-09
最后修订 last_revision	2025-04-16
结构标题 title	Crystal structure of Angiotensin-1 converting enzyme C-domain in complex with dual ACE/NEP inhibitor AD015
关键词 keywords	Angiotensin-1 converting enzyme, Dual inhibitor, NEP, Metalloprotease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.02 Å
零角强度 I(0) i0	78261900.00
分子量 molecular_weight	69797.0 kDa
排除体积 excluded_volume	87247 Å³
包络体积 envelope_volume	101920 Å³
水化壳体积 shell_volume	33986 Å³
包络直径 envelope_diameter	83.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.60 Å
包络 Rg envelope_rg	24.19 Å
形状 Rg shape_rg	24.00 Å
总 Rg total_rg	24.96 Å
总原子数 total_atoms	9621
残基数 n_residues	586
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	81.6 Å
Rg (实空间) rg_real	25.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.2400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.25 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78260000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7115
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.197
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.343
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	20670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.842; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.996

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	Angiotensin-converting enzyme
分子量 formula_weight	68861.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.-,3.4.15.1
突变 mutation	E64G, N90Q, N155Q, N337Q, N586Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10167

LVTDEAEASKFVEEYDRTSQVVWNEYAGANWNYNTNITTETSKILLQKNMQIAQHTLKYGTQARKFDVNQLQNTTIKRIIKKVQDLERAALPAQELEEYNKILLDMETTYSVATVCHPQGSCLQLEPDLTNVMATSRKYEDLLWAWEGWRDKAGRAILQFYPKYVELINQAARLNGYVDAGDSWRSMYETPSLEQDLERLFQELQPLYLNLHAYVRRALHRHYGAQHINLEGPIPAHLLGNMWAQTWSNIYDLVVPFPSAPSMDTTEAMLKQGWTPRRMFKEADDFFTSLGLLPVPPEFWQKSMLEKPTDGREVVCHASAWDFYNGKDFRIKQCTTVNLEDLVVAHHEMGHIQYFMQYKDLPVALREGANPGFHEAIGDVLALSVSTPKHLHSLNLLSSEGGSDEHDINFLMKMALDKIAFIPFSYLVDQWRWRVFDGSITKENYNQEWWSLRLKYQGLCPPVPRTQGDFDPGAKFHIPSSVPYIRYFVSFIIQFQFHEALCQAAGHTGPLHKCDIYQSKEAGQRLATAMKLGFSRPWPEAMQLITGQPQMSASAMLSYFKPLLDWLRTENELHGEKLGWPQYNWTPNSARSEGPLP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1219.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	(2~{S},5~{R})-5-(4-methylphenyl)-1-[2-[[(2~{S})-3-phenyl-2-sulfanyl-propanoyl]amino]ethanoyl]pyrrolidine-2-carboxylic acid
分子量 formula_weight	426.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	473

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	56.792 Å
晶胞边长 b length_b	85.510 Å
晶胞边长 c length_c	134.816 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	52.340 Å
R 因子 r_factor	0.1680
R_work r_work	0.1667
R_free r_free	0.2058

fit	/app/data/saxs_computation/h1/9h1d/9h1d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h1/9h1d/9h1d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h1/9h1d/9h1d.dat