9hal

Pooled 50S subunit d126_(L29)-/(L22)- precursor states supplemented with Api137

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large ribosomal subunit protein uL13

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL13_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Large ribosomal subunit protein bL17

物种未注明

UniProt P0AG44

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL17_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

Large ribosomal subunit protein bL20

物种未注明

UniProt P0A7L3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL20_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–117； UniProt 2–118

Large ribosomal subunit protein bL21

物种未注明

UniProt P0AG48

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL21_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

50S ribosomal protein L3

物种未注明

UniProt P60438

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL3_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–209； UniProt 1–209

Large ribosomal subunit protein uL4

物种未注明

UniProt P60723

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL4_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–201； UniProt 1–201

Large ribosomal subunit protein uL15

物种未注明

UniProt P02413

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 （P60624）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL15_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–143； UniProt 2–144

Large ribosomal subunit protein uL24

物种未注明

UniProt P60624

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 8 RNA 1	Large ribosomal subunit protein uL13 × 1 （P0AA10） Large ribosomal subunit protein bL17 × 1 （P0AG44） Large ribosomal subunit protein bL20 × 1 （P0A7L3） Large ribosomal subunit protein bL21 × 1 （P0AG48） 23S ribosomal RNA × 1 50S ribosomal protein L3 × 1 （P60438） Large ribosomal subunit protein uL4 × 1 （P60723） Large ribosomal subunit protein uL15 × 1 （P02413）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL24_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–102； UniProt 2–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hal
沉积日期 deposition_date	2024-11-04
最后修订 last_revision	2025-01-22
结构标题 title	Pooled 50S subunit d126_(L29)-/(L22)- precursor states supplemented with Api137
关键词 keywords	ribosome, antimicrobial peptide, RNA, ribosomal protein, PrAMP, proline-rich peptide, antibiotics, 50S, Api137; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9hal__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9hal__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9hal__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	60.72 Å
Rg（电子密度）	60.87 Å
总 Rg	60.95 Å
原子数	36717
残基数	2384
排除体积	548480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9hal__assembly_1__model_1`	nonameric （9）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein uL13
分子量 formula_weight	16050.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J
原子数 atom_count	36717

MKTFTAKPETVKRDWYVVDATGKTLGRLATELARRLRGKHKAEYTPHVDTGDYIIVLNADKVAVTGNKRTDKVYYHHTGHIGGIKQATFEEMIARRPERVIEIAVKGMLPKGPLGRAMFRKLKVYAGNEHNHAAQQPQVLDI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein bL17
分子量 formula_weight	13721.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MRHRKSGRQLNRNSSHRQAMFRNMAGSLVRHEIIKTTLPKAKELRRVVEPLITLAKTDSVANRRLAFARTRDNEIVAKLFNELGPRFASRAGGYTRILKCGFRAGDNAPMAYIELVDRSE

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein bL20
分子量 formula_weight	13396.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

ARVKRGVIARARHKKILKQAKGYYGARSRVYRVAFQAVIKAGQYAYRDRRQRKRQFRQLWIARINAAARQNGISYSKFINGLKKASVEIDRKILADIAVFDKVAFTALVEKAKAALA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein bL21
分子量 formula_weight	11586.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MYAVFQSGGKQHRVSEGQTVRLEKLDIATGETVEFAEVLMIANGEEVKIGVPFVDGGVIKAEVVAHGRGEKVKIVKFRRRKHYRKQQGHRQWFTDVKITGISA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	941619.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A

GGUUAAGCGACUAAGCGUACACGGUGGAUGCCCUGGCAGUCAGAGGCGAUGAAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUUCCGAAUGGGGAAACCCAGUGUGUUUCGACACACUAUCAUUAACUGAAUCCAUAGGUUAAUGAGGCGAACCGGGGGAACUGAAACAUCUAAGUACCCCGAGGAAAAGAAAUCAACCGAGAUUCCCCCAGUAGCGGCGAGCGAACGGGGAGCAGCCCAGAGCCUGAAUCAGUGUGUGUGUUAGUGGAAGCGUCUGGAAAGGCGCGCGAUACAGGGUGACAGCCCCGUACACAAAAAUGCACAUGCUGUGAGCUCGAUGAGUAGGGCGGGACACGUGGUAUCCUGUCUGAAUAUGGGGGGACCAUCCUCCAAGGCUAAAUACUCCUGACUGACCGAUAGUGAACCAGUACCGUGAGGGAAAGGCGAAAAGAACCCCGGCGAGGGGAGUGAAAAAGAACCUGAAACCGUGUACGUACAAGCAGUGGGAGCACGCUUAGGCGUGUGACUGCGUACCUUUUGUAUAAUGGGUCAGCGACUUAUAUUCUGUAGCAAGGUUAACCGAAUAGGGGAGCCGAAGGGAAACCGAGUCUUAACUGGGCGUUAAGUUGCAGGGUAUAGACCCGAAACCCGGUGAUCUAGCCAUGGGCAGGUUGAAGGUUGGGUAACACUAACUGGAGGACCGAACCGACUAAUGUUGAAAAAUUAGCGGAUGACUUGUGGCUGGGGGUGAAAGGCCAAUCAAACCGGGAGAUAGCUGGUUCUCCCCGAAAGCUAUAUAAGUAGCGCCUCGUGAAUUCAUCUCCGGGGGUAGAGCACUGUUUCGGCAAGGGGGUCAUCCCGACUUACCAACCCGAUGCAAACUGCGAAUACCGGAGAAUGUUAUCACGGGAGACACACGGCGGGUGCUAACGUCCGUCGUGAAGAGGGAAACAACCCAGACCGCCAGCUAAGGUCCCAAAGUCAUGGUUAAGUGGGAAACGAUGUGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAGUCGGCCUGCGCGGAAGAUGUAACGGGGCUAAACCAUGCACCGAAGCUGCGGCAGCGACGCUUAUGCGUUGUUGGGUAGGGGAGCGUUCUGUAAGCCUGCGAAGGUGUGCUGUGAGGCAUGCUGGAGGUAUCAGAAGUGCGAAUGCUGACAUAAGUAACGAUAAAGCGGGUGAAAAGCCCGCUCGCCGGAAGACCAAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGAGUCGACCCCUAAGGCGAGGCCGAAAGGCGUAGUCGAUGGGAAACAGGUUAAUAUUCCUGUACUUGGUGUUACUGCGAAGGGGGGACGGAGAAGGCUAUGUUGGCCGGGCGACGGUUGUCCCGGUUUAAGCGUGUAGGCUGGUUUUCCAGGCAAAUCCGGAAAAUCAAGGCUGAGGCGUGAUGACGAGGCACUACGGUGCUGAAGCAACAAAUGCCCUGCUUCCAGGAAAAGCCUCUAAGCAUCAGGUAACAUCAAAUCGUACCCCAAACCGACACAGGUGGUCAGGUAGAGAAUACCAAGGCGCUUGAGAGAACUCGGGUGAAGGAACUAGGCAAAAUGGUGCCGUAACUUCGGGAGAAGGCACGCUGAUAUGUAGGUGAGGUCCCUCGCGGAUGGAGCUGAAAUCAGUCGAAGAUACCAGCUGGCUGCAACUGUUUAUUAAAAACACAGCACUGUGCAAACACGAAAGUGGACGUAUACGGUGUGACGCCUGCCCGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGUAAACGGCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGGUAGCGAAAUUCCUUGUCGGGUAAGUUCCGACCUGCACGAAUGGCGUAAUGAUGGCCAGGCUGUCUCCACCCGAGACUCAGUGAAAUUGAACUCGCUGUGAAGAUGCAGUGUACCCGCGGCAAGACGGAAAGACCCCGUGAACCUUUACUAUAGCUUGACACUGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAACGUUGACCCGUAAUCCGGGUUGCGGACAGUGUCUGGUGGGUAGUUUGACUGGGGCGGUCUCCUCCUAAAGAGUAACGGAGGAGCACGAAGGUUGGCUAAUCCUGGUCGGACAUCAGGAGGUUAGUGCAAUGGCAUAAGCCAGCUUGACUGCGAGCGUGACGGCGCGAGCAGGUGCGAAAGCAGGUCAUAGUGAUCCGGUGGUUCUGAAUGGAAGGGCCAUCGCUCAACGGAUAAAAGGUACUCCGGGGAUAACAGGCUGAUACCGCCCAAGAGUUCAUAUCGACGGCGGUGUUUGGCACCUCGAUGUCGGCUCAUCACAUCCUGGGGCUGAAGUAGGUCCCAAGGGUAUGGCUGUUCGCCAUUUAAAGUGGUACGCGAGCUGGGUUUAGAACGUCGUGAGACAGUUCGGUCCCUAUCUGCCGUGGGCGCUGGAGAACUGAGGGGGGCUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGGACGCAUCACUGGUGUUCGGGUUGUCAUGCCAAUGGCACUGCCCGGUAGCUAAAUGCGGAAGAGAUAAGUGCUGAAAGCAUCUAAGCACGAAACUUGCCCCGAGAUGAGUUCUCCCUGACCCUUUAAGGGUCCUGAAGGAACGUUGAAGACGACGACGUUGAUAGGCCGGGUGUGUAAGCGCAGCGAUGCGUUGAGCUAACCGGUACUAAUGAACCGUGAGGCUUAACCUU

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L3
分子量 formula_weight	22277.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MIGLVGKKVGMTRIFTEDGVSIPVTVIEVEANRVTQVKDLANDGYRAIQVTTGAKKANRVTKPEAGHFAKAGVEAGRGLWEFRLAEGEEFTVGQSISVELFADVKKVDVTGTSKGKGFAGTVKRWNFRTQDATHGNSLSHRVPGSIGQNQTPGKVFKGKKMAGQMGNERVTVQSLDVVRVDAERNLLLVKGAVPGATGSDLIVKPAVKA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein uL4
分子量 formula_weight	22121.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MELVLKDAQSALTVSETTFGRDFNEALVHQVVVAYAAGARQGTRAQKTRAEVTGSGKKPWRQKGTGRARSGSIKSPIWRSGGVTFAARPQDHSQKVNKKMYRGALKSILSELVRQDRLIVVEKFSVEAPKTKLLAQKLKDMALEDVLIITGELDENLFLAARNLHKVDVRDATGIDPVSLIAFDKVVMTADAVKQVEEMLA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein uL15
分子量 formula_weight	14877.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

RLNTLSPAEGSKKAGKRLGRGIGSGLGKTGGRGHKGQKSRSGGGVRRGFEGGQMPLYRRLPKFGFTSRKAAITAEIRLSDLAKVEGGVVDLNTLKAANIIGIQIEFAKVILAGEVTTPVTVRGLRVTKGARAAIEAAGGKIEE

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Large ribosomal subunit protein uL24
分子量 formula_weight	11078.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKADRVGFRFEDGKKVRFFKSNSETI

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分辨率 resolution	4.49 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	21282

Pooled 50S subunit d126_(L29)-/(L22)- precursor states supplemented with Api137

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Large ribosomal subunit protein uL13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large ribosomal subunit protein bL17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large ribosomal subunit protein bL20

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large ribosomal subunit protein bL21

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large ribosomal subunit protein uL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large ribosomal subunit protein uL15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Large ribosomal subunit protein uL24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9hal__assembly_1__model_1

9hal__assembly_1__model_1 | I(q)

9hal__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer