9hao

BDM91531 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 149.6 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hao
沉积日期 deposition_date	2024-11-04
结构标题 title	BDM91531 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB
关键词 keywords	RND multidrug efflux pump, antimicrobial resistance, allosteric inhibitor, intermediate conformational state, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.90 Å
零角强度 I(0) i0	1858430000.00
分子量 molecular_weight	381850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	487490 Å³
包络体积 envelope_volume	629800 Å³
水化壳体积 shell_volume	106290 Å³
包络直径 envelope_diameter	153.3 Å
壳层 Rg shell_rg	55.30 Å
包络 Rg envelope_rg	46.19 Å
形状 Rg shape_rg	46.92 Å
总 Rg total_rg	47.12 Å
总原子数 total_atoms	54571
残基数 n_residues	3407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	149.6 Å
Rg (实空间) rg_real	47.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8680e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1859000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8200
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	63.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.177
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.427
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	331500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

描述 description	Multidrug efflux pump subunit AcrB
分子量 formula_weight	114736.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	56249

MPNFFIDRPIFAWVIAIIIMLAGGLAILKLPVAQYPTIAPPAVTISASYPGADAKTVQDTVTQVIEQNMNGIDNLMYMSSNSDSTGTVQITLTFESGTDADIAQVQVQNKLQLAMPLLPQEVQQQGVSVEKSSSSFLMVVGVINTDGTMTQEDISDYVAANMKDAISRTSGVGDVQLFGSQYAMRIWMNPNELNKFQLTPVDVITAIKAQNAQVAAGQLGGTPPVKGQQLNASIIAQTRLTSTEEFGKILLKVNQDGSRVLLRDVAKIELGGENYDIIAEFNGQPASGLGIKLATGANALDTAAAIRAELAKMEPFFPSGLKIVYPYDTTPFVKISIHEVVKTLVEAIILVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFAVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVDDAIVVVENVERVMAEEGLPPKEATRKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFVPMAFFGGSTGAIYRQFSITIVSAMALSVLVALILTPALCATMLKPIAKGDHGEGKKGFFGWFNRMFEKSTHHYTDSVGGILRSTGRYLVLYLIIVVGMAYLFVRLPSSFLPDEDQGVFMTMVQLPAGATQERTQKVLNEVTHYYLTKEKNNVESVFAVNGFGFAGRGQNTGIAFVSLKDWADRPGEENKVEAITMRATRAFSQIKDAMVFAFNLPAIVELGTATGFDFELIDQAGLGHEKLTQARNQLLAEAAKHPDMLTSVRPNGLEDTPQFKIDIDQEKAQALGVSINDINTTLGAAWGGSYVNDFIDRGRVKKVYVMSEAKYRMLPDDIGDWYVRAADGQMVPFSAFSSSRWEYGSPRLERYNGLPSMEILGQAAPGKSTGEAMELMEQLASKLPTGVGYDWTGMSYQERLSGNQAPSLYAISLIVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLAATFRGLTNDVYFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKDLMDKEGKGLIEATLDAVRMRLRPILMTSLAFILGVMPLVISTGAGSGAQNAVGTGVMGGMVTATVLAIFFVPVFFVVVRRRFSRKNEDIEHSHTVDHHLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 2 polymer

描述 description	DARPIN
分子量 formula_weight	18317.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MRGSHHHHHHGSDLGKKLLEAARAGRDDEVRILMANGADVNAADVVGWTPLHLAAYWGHLEIVEVLLKNGADVNAYDTLGSTPLHLAAHFGHLEIVEVLLKNGADVNAKDDNGITPLHLAANRGHLEIVEVLLKYGADVNAQDKFGKTAFDISINNGNEDLAEILQKLN

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 4 non-polymer

描述 description	N-OCTANE
分子量 formula_weight	114.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRADECANE
分子量 formula_weight	198.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	39

Entity 8 non-polymer

描述 description	DODECANE
分子量 formula_weight	170.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 9 non-polymer

描述 description	HEXANE
分子量 formula_weight	86.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 10 non-polymer

描述 description	[3-(3-chloranyl-2-piperazin-1-yl-quinolin-6-yl)phenyl]methanamine
分子量 formula_weight	352.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	DECANE
分子量 formula_weight	142.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 12 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl didecanoate
分子量 formula_weight	400.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 13 non-polymer

描述 description	DECYLAMINE-N,N-DIMETHYL-N-OXIDE
分子量 formula_weight	201.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 14 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 15 non-polymer

描述 description	(2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypropyl hexadecanoate
分子量 formula_weight	453.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 16 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1597

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	146.184 Å
晶胞边长 b length_b	161.143 Å
晶胞边长 c length_c	244.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	49.380 Å
R 因子 r_factor	0.2033
R_work r_work	0.2021
R_free r_free	0.2251

fit	/app/data/saxs_computation/ha/9hao/9hao.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/9hao/9hao.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/9hao/9hao.dat

BDM91531 inhibitor bound to the transmembrane domain of AcrB

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (16)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 non-polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)