9hc1

SARS-CoV-2 Main Protease complexed with (1R)-N-(3-chlorophenyl)-3-oxo-N-[4-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]indane-1-carboxamide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 82.1 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9hc1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9hc1
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9hc1
沉积日期 deposition_date2024-11-08
最后修订 last_revision2024-11-27
结构标题 titleSARS-CoV-2 Main Protease complexed with (1R)-N-(3-chlorophenyl)-3-oxo-N-[4-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]indane-1-carboxamide
关键词 keywords3C-LIKE PROTEINASE, CYSTEINE PROTEASE, COMPLEX, INHIBITOR, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.47
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.36
零角强度 I(0) i076057500.00
分子量 molecular_weight68537.0 kDa
排除体积 excluded_volume85780 ų
包络体积 envelope_volume101030 ų
水化壳体积 shell_volume32708 ų
包络直径 envelope_diameter86.6
壳层 Rg shell_rg33.25
包络 Rg envelope_rg25.54
形状 Rg shape_rg25.43
总 Rg total_rg25.99
总原子数 total_atoms9486
残基数 n_residues610
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax82.1
Rg (实空间) rg_real26.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52
I(0) (实空间) i0_real7.6060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal76060000.0000
解质量估计 total_estimate0.9073
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary79.3
偏度 Skewness skewness0.146
峰度 Kurtosis kurtosis-0.558
角度范围 angular_range— – 0.3000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha40150000.0000
实空间数据点数 n_real_points61
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.981

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (6)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)