9hij

X-ray structure of Perm1, a circularly permuted mutant of the sweet protein MNEI

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 56.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hij
沉积日期 deposition_date	2024-11-26
结构标题 title	X-ray structure of Perm1, a circularly permuted mutant of the sweet protein MNEI
关键词 keywords	sweet protein, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.13 Å
零角强度 I(0) i0	8620370.00
分子量 molecular_weight	22419.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28389 Å³
包络体积 envelope_volume	32222 Å³
水化壳体积 shell_volume	16002 Å³
包络直径 envelope_diameter	55.5 Å
壳层 Rg shell_rg	22.80 Å
包络 Rg envelope_rg	17.42 Å
形状 Rg shape_rg	17.12 Å
总 Rg total_rg	18.11 Å
总原子数 total_atoms	3133
残基数 n_residues	193
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.4 Å
Rg (实空间) rg_real	18.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6200e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8620000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9091
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.170
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.541
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2728000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.997

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Monellin chain A,Monellin chain B
分子量 formula_weight	11677.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3295

MFREIKGYEYQLYVYASDKLFRADISEDYKTRGRKLLRFNGPVPPPGGSGGGEWEIIDIGPFTQNLGKFAVDEENKIGQYGRLTFNKVIRPCMKKTIYENE

来源 Source

来源生物 organism	Dioscoreophyllum cumminsii
通用名 common_name	serendipity berry
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3457
宿主生物 host_organism	Escherichia coli B

Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.646 Å
晶胞边长 b length_b	31.599 Å
晶胞边长 c length_c	127.006 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.080 Å
R 因子 r_factor	0.1717
R_work r_work	0.1706
R_free r_free	0.1905

fit	/app/data/saxs_computation/hi/9hij/9hij.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hi/9hij/9hij.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hi/9hij/9hij.dat