9hkf

X-Ray crystal structure of a photoswitchable HaloTag bound to JF635

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 99.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hkf
沉积日期 deposition_date	2024-12-03
结构标题 title	X-Ray crystal structure of a photoswitchable HaloTag bound to JF635
关键词 keywords	HaloTag, LOV domain, FMN, dye, photoswitch, psHaloTag, Light-oxygen-voltage-sensing domain, rhodamine, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.15 Å
零角强度 I(0) i0	155417000.00
分子量 molecular_weight	102190.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128760 Å³
包络体积 envelope_volume	151080 Å³
水化壳体积 shell_volume	40237 Å³
包络直径 envelope_diameter	106.9 Å
壳层 Rg shell_rg	38.41 Å
包络 Rg envelope_rg	31.13 Å
形状 Rg shape_rg	31.13 Å
总 Rg total_rg	31.79 Å
总原子数 total_atoms	7222
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	99.7 Å
Rg (实空间) rg_real	32.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	155400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9020
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.208
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.554
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	60450000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.851

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Haloalkane dehalogenase,non-specific serine/threonine protein kinase
分子量 formula_weight	50100.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.8.1.5,2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	7598

GPMAEIGTGFPFDPHYVEVLGERMHYVDVGPRDGTPVLFLHGNPTSSYVWRNIIPHVAPTHRCIAPDLIGMGKSDKPDLGYFFDDHVRFMDAFIEALGLEEVVLVIHDWGSALGFHWAKRNPERVKGIAFMEFIRPIPTWDEWPWFAGLERIEKNFIITDPRLPDNPIIFASDSFLQLTEYSREEILGRNCRFLQGPETDRATVRKIRDAIDNQTEVTVQLINYTKSGKKFWNLFHLQPMRDQKGDVQYFIGVQLDGTEHVRDAAEREGVMLIKKTAENIDEAAPFWRETFQAFRTTDVGRKLIIDQNVFIEGTLPMGVVRPLTEVEMDHYREPFLNPVDREPLWRFPNELPIAGEPANIVALVEEYMDWLHQSPVPKLLFWGTPGVLIPPAEAARLAKSLPNCKAVDIGPGLNLLQEDNPDLIGSEIARWLSTLEISG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus rhodochrous
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1829
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	;(1E,3S)-1-{10-[2-carboxy-5-({2-[2-(hexyloxy)ethoxy]ethyl}carbamoyl)phenyl]-7-(3-fluoroazetidin-1-yl)-5,5-dimethyldibenz o[b,e]silin-3(5H)-ylidene}-3-fluoroazetidin-1-ium ;
分子量 formula_weight	704.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	376

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	167.737 Å
晶胞边长 b length_b	78.017 Å
晶胞边长 c length_c	81.807 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.92 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	70.360 Å
R 因子 r_factor	0.1881
R_work r_work	0.1855
R_free r_free	0.2354

fit	/app/data/saxs_computation/hk/9hkf/9hkf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/9hkf/9hkf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/9hkf/9hkf.dat