9hq6

Structural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophilicity revealed in a biological context

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 138.1 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hq6
沉积日期 deposition_date	2024-12-16
结构标题 title	Structural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophilicity revealed in a biological context
关键词 keywords	Iron, Gold, Metal transport, Metal storage, Anticancer drugs, Drug nanocarrier, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.51 Å
零角强度 I(0) i0	4241690000.00
分子量 molecular_weight	499140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	598640 Å³
包络体积 envelope_volume	976110 Å³
水化壳体积 shell_volume	149460 Å³
包络直径 envelope_diameter	135.8 Å
壳层 Rg shell_rg	63.96 Å
包络 Rg envelope_rg	47.96 Å
形状 Rg shape_rg	53.27 Å
总 Rg total_rg	54.48 Å
总原子数 total_atoms	66252
残基数 n_residues	4128
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	138.1 Å
Rg (实空间) rg_real	54.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2420e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	55.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4248000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7978
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	90.5 Å
偏度 Skewness skewness	-0.395
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.645
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16460000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.889; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Ferritin heavy chain
分子量 formula_weight	21124.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.16.3.1
突变 mutation	NONE
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	24

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,V,W,X,Y
原子数 atom_count	71976

TTASTSQVRQNYHQDSEAAINRQINLELYASYVYLSMSYYFDRDDVALKNFAKYFLHQSHEEREHAEKLMKLQNQRGGRIFLQDIKKPDCDDWESGLNAMECALHLEKNVNQSLLELHKLATDKNDPHLCDFIETHYLNEQVKAIKELGDHVTNLRKMGAPESGLAEYLFDKHTLGDSDNES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	1-butyl-3-methyl-1H-imidazol-3-ium
分子量 formula_weight	139.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 3 non-polymer

描述 description	GOLD ION
分子量 formula_weight	197.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	96

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3384

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.510 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	1.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2736719

fit	/app/data/saxs_computation/hq/9hq6/9hq6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hq/9hq6/9hq6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hq/9hq6/9hq6.dat

Structural insights in the HuHf@gold-monocarbene adduct: aurophilicity revealed in a biological context

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D