SAXSdb — 9htd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 163–257	未记录	GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY × 1 GLY GLYCINE × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；2M ammonium sulphate, 10% dioxane, 100 mM MES, 2 mM Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.	分辨率 1.75 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9HTD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6EVL Crystal structure of an unlignaded peptide-substrate-binding domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase 提交 2017-11-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 163–257（95 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GLY GLYCINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.45 M ammonium sulphate, 10% DMSO, 100 mM MOPS, pH 6.5	分辨率 1.87 Å R-free 0.224
6EVM Crystal structure of a Pro-9 complexed peptide-substrate-binding domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase 提交 2017-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 163–257（95 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.45 M ammonium sulphate, 10% DMSO, 2.5 mM Pro-9, 4% hexenediol, 100 mM MOPS	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6EVN Crystal structure of peptide-substrate-binding domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase complex with Pro-Pro-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Pro-Gly. 提交 2017-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 163–257（95 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.45 M ammonium sulphate, 10% DMSO, 5 mM PPGPAGPPG, 5% D-galactose, 100 mM MOPS, pH 6.5	分辨率 1.48 Å R-free 0.179
6EVO Crystal structure the peptide-substrate-binding domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Pro-Gly-Pro-Arg-Gly-Pro-Pro-Gly. 提交 2017-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 163–257（95 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.45 M ammonium sulphate, 10% DMSO, 5 mM PPGPRGPPG, 10 mM EDTA, 100 mM MOPS	分辨率 1.55 Å R-free 0.180
6EVP Crystal structure the peptide-substrate-binding domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Pro-Gly-Pro-Glu-Gly-Pro-Pro-Gly. 提交 2017-11-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 163–257（95 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；2.45 M ammonium sulphate, 10% DMSO, 100 mM MOPS, 5 mM PPGPEGPPG, 5% PEG 400, 100 mM MOPS.	分辨率 1.68 Å R-free 0.215
7ZSC Crystal structure of the heterodimeric human C-P4H-II with truncated alpha subunit (C-P4H-II delta281) 提交 2022-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 282–535（254 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；278 K；20% (w/v) PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 3% methanol	分辨率 3.85 Å R-free 0.278
7ZSC Crystal structure of the heterodimeric human C-P4H-II with truncated alpha subunit (C-P4H-II delta281) 提交 2022-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 282–535（254 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；278 K；20% (w/v) PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES, 3% methanol	分辨率 3.85 Å R-free 0.278

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P4HA2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–102； UniProt 163–257

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9htd
沉积日期 deposition_date	2024-12-19
最后修订 last_revision	2025-09-24
结构标题 title	Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.
关键词 keywords	collagen, tetratricopeptide, extracellular matrix, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.23 Å
零角强度 I(0) i0	3127400.00
分子量 molecular_weight	11774.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14442 Å³
包络体积 envelope_volume	16109 Å³
水化壳体积 shell_volume	10603 Å³
包络直径 envelope_diameter	48.1 Å
壳层 Rg shell_rg	18.61 Å
包络 Rg envelope_rg	13.60 Å
形状 Rg shape_rg	13.21 Å
总 Rg total_rg	14.41 Å
总原子数 total_atoms	1608
残基数 n_residues	100
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.6 Å
Rg (实空间) rg_real	14.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1270e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3127000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8723
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.272
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.221
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	962600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.977

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-2
分子量 formula_weight	11920.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1663

MHHHHHHMLSVDDCFGMGRSAYNEGDYYHTVLWMEQVLKQLDAGEEATTTKSQVLDYLSYAVFQLGDLHRALELTRRLLSLDPSHERAGGNLRYFEQLLEEE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	GLY-PRO-ALA-GLY-PRO-HYP-GLY
分子量 formula_weight	777.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PPGPAGPPG

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	55

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	56.655 Å
晶胞边长 b length_b	56.655 Å
晶胞边长 c length_c	68.828 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.751 Å
最低分辨率 resolution_low	49.060 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1648
R_free r_free	0.1951

fit	/app/data/saxs_computation/ht/9htd/9htd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ht/9htd/9htd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ht/9htd/9htd.dat

Peptide-substrate-binding (PSB) domain of human type II collagen prolyl 4-hydroxylase complexed with Pro-Hyp-Gly-Pro-Ala-Gly-Pro-Hyp-Gly.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Prolyl 4-hydroxylase subunit alpha-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)