9hud

Alpha-1-antitrypsin in the cleaved conformation in complex with a conformationally nonselective Fab fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 169.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hud
沉积日期 deposition_date	2024-12-22
最后修订 last_revision	2025-11-26
结构标题 title	Alpha-1-antitrypsin in the cleaved conformation in complex with a conformationally nonselective Fab fragment
关键词 keywords	;Complex, Cleaved Alpha-1-antitrypsin, Alpha-1-antitrypsin, Antitrypsin, Fab, Fab fragment, Fragment antigen-binding region, Antibody antigen complex, 9C5, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	47.74 Å
零角强度 I(0) i0	425850000.00
分子量 molecular_weight	171060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214400 Å³
包络体积 envelope_volume	297140 Å³
水化壳体积 shell_volume	56459 Å³
包络直径 envelope_diameter	178.9 Å
壳层 Rg shell_rg	46.32 Å
包络 Rg envelope_rg	48.17 Å
形状 Rg shape_rg	47.71 Å
总 Rg total_rg	47.79 Å
总原子数 total_atoms	12061
残基数 n_residues	1578
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	169.9 Å
Rg (实空间) rg_real	48.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2590e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.9480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.58 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	425500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8096
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.621
峰度 Kurtosis kurtosis	0.076
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28060000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.402

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-1-antitrypsin
分子量 formula_weight	41077.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	12718

MRGSHHHHHHTDPQGDAAQKTDTSHHDQDHPTFNKITPNLAEFAFSLYRQLAHQSNSTNIFFSPVSIATAFAMLSLGTKADTHDEILEGLNFNLTEIPEAQIHEGFQELLRTLNQPDSQLQLTTGNGLFLSEGLKLVDKFLEDVKKLYHSEAFTVNFGDTEEAKKQINDYVEKGTQGKIVDLVKELDRDTVFALVNYIFFKGKWERPFEVKDTEEEDFHVDQVTTVKVPMMKRLGMFNIQHCKKLSSWVLLMKYLGNATAIFFLPDEGKLQHLENELTHDIITKFLENEDRRSASLHLPKLSITGTYDLKSVLGQLGITKVFSNGADLSGVTEEAPLKLSKAVHKAVLTIDEKGTEAAGAMFLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 2 polymer

描述 description	Short peptide from AAT
分子量 formula_weight	4552.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

AIPMSIPPEVKFNKPFVFLMIEQNTKSPLFMGKVVNPTQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli K-12

Entity 3 polymer

描述 description	FAB 9C5 heavy chain
分子量 formula_weight	23454.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,I

QVQLQQSGAELVKPGASVKLSCTATGFNIKDTYMHWVKQRPEQGLEWIGRIDPANGNTKYDPKFQGKATLTADTSSNTAYLQLSSLTSEDTAVYYCARKRYSMDYWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSGAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

Entity 4 polymer

描述 description	FAB 9C5 light chain
分子量 formula_weight	23709.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M

SIVMTQTPKFLLVSAGERVTITCKASQSVSNDVGWYQQKPGQPPKLLIYNASNRKNGVPDRFTGSGYGTDFTFTISTVQAEDLAVYFCQQDHSFPLKFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	596

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7. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	117.254 Å
晶胞边长 b length_b	239.246 Å
晶胞边长 c length_c	68.945 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.420 Å
最低分辨率 resolution_low	47.650 Å
R 因子 r_factor	0.2132
R_work r_work	0.2114
R_free r_free	0.2472

fit	/app/data/saxs_computation/hu/9hud/9hud.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hu/9hud/9hud.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hu/9hud/9hud.dat

Alpha-1-antitrypsin in the cleaved conformation in complex with a conformationally nonselective Fab fragment

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (11)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 water

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)