SAXSdb — 9i67

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alkaline serine protease

Stenotrophomonas maltophilia

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 151–506	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 A1I1B (2~{S})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：BATCH MODE；pH 8；293.15 K；1,8 M Ammonium sulfate, 0,1 M Tris-HCl	分辨率 1.99 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9I67	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9G8V StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease 提交 2024-07-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–506（356 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；1.8 M ammonium sulfate 0.1 M Tris	分辨率 1.64 Å R-free 0.209
9GOI StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Bortezomib 提交 2024-09-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–506（356 aa）	未记录	BO2 N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；0.9 M ammonium sulfate 0.4 M lithium sulfate 0.1 M sodium citrate	分辨率 1.89 Å R-free 0.251
9GRG StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with PMSF 提交 2024-09-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 151–506（356 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 PMS phenylmethanesulfonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；0.9 M Ammonium sulfate 0.4 M Lithium sulfate 0.1 M Sodium acetate	分辨率 1.89 Å R-free 0.235
9I6C StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Leupeptin 提交 2025-01-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 151–506（356 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl	分辨率 2.08 Å R-free 0.218

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q93IQ4_STEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–356； UniProt 151–506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i67
沉积日期 deposition_date	2025-01-29
最后修订 last_revision	2025-08-06
结构标题 title	StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Chymostatin
关键词 keywords	alkaline serine protease, Chymostatin, excreted protease, subtilisin-like, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.52 Å
零角强度 I(0) i0	48831000.00
分子量 molecular_weight	35175.0 kDa
排除体积 excluded_volume	33288 Å³
包络体积 envelope_volume	51132 Å³
水化壳体积 shell_volume	22203 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.7 Å
壳层 Rg shell_rg	25.73 Å
包络 Rg envelope_rg	18.76 Å
形状 Rg shape_rg	18.49 Å
总 Rg total_rg	19.22 Å
总原子数 total_atoms	2639
残基数 n_residues	356
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.25 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3470e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	48830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8919
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.076
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.470
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11150000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.994

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alkaline serine protease
分子量 formula_weight	36231.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2932

LAPNDPYYQQYQWHLHNATGGINAPSAWDVSQGEGVVVAVLDTGILPQHPDLVGNLLEGYDFISDAETSRRATNDRVPGAQDYGDWVENDNECYTGSVAEDSSWHGTHVAGTVAEQTNNGVGMAGVAHKAKVLPVRVLGKCGGYLSDIADAITWASGGTVAGVPANANPAEVINMSLGGSGSCDGTYQDAINGAISRGTTVVVAAGNETDNASKYRPASCDGVVTVGATRITGGITYYSNYGSRVDLSGPGGGGSVDGNPGGYVWQSGSDAATTPESGSYSYMGMGGTSMASPHVAAVAALVQSALIAKGKDPLAPAAMRTLLKETARPFPVSIPTATPIGTGIVDAKAALAKALE

来源 Source

来源生物 organism	Stenotrophomonas maltophilia
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	40324
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-phenyl-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	607.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	293

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.459 Å
晶胞边长 b length_b	86.514 Å
晶胞边长 c length_c	132.329 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.990 Å
最低分辨率 resolution_low	29.490 Å
R 因子 r_factor	0.1543
R_work r_work	0.1514
R_free r_free	0.2126

fit	/app/data/saxs_computation/i6/9i67/9i67.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i6/9i67/9i67.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i6/9i67/9i67.dat

StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Chymostatin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alkaline serine protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction