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9i6c

StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Leupeptin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 61.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alkaline serine protease

Stenotrophomonas maltophilia

UniProt Q93IQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 151–506 未记录 Leupeptin × 1 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；1.8 M Ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl 分辨率 2.08 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9I6C Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9G8V StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease 提交 2024-07-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–506（356 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293.15 K；1.8 M ammonium sulfate 0.1 M Tris
分辨率 1.64 Å R-free 0.209
9GOI StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Bortezomib 提交 2024-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–506（356 aa）
未记录 BO2 N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 4 SO4 SULFATE ION × 3 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；0.9 M ammonium sulfate 0.4 M lithium sulfate 0.1 M sodium citrate
分辨率 1.89 Å R-free 0.251
9GRG StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with PMSF 提交 2024-09-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–506（356 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 PMS phenylmethanesulfonic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 4 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293.15 K；0.9 M Ammonium sulfate 0.4 M Lithium sulfate 0.1 M Sodium acetate
分辨率 1.89 Å R-free 0.235
9I67 StmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Chymostatin 提交 2025-01-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 151–506（356 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 A1I1B (2~{S})-2-[[(1~{S})-1-[(6~{S})-2-azanyl-1,4,5,6-tetrahydropyrimidin-6-yl]-2-[[(2~{S})-4-methyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]pentan-2-yl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]carbamoylamino]-3-phenyl-propanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 8；293.15 K；1,8 M Ammonium sulfate, 0,1 M Tris-HCl
分辨率 1.99 Å R-free 0.213

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q93IQ4_STEMA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–356； UniProt 151–506

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9i6c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9i6c
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9i6c
沉积日期 deposition_date2025-01-29
最后修订 last_revision2025-08-06
结构标题 titleStmPr1, Stenotrophomonas maltophilia Protease 1, 36 kDa alkine serine protease in complex with Leupeptin
关键词 keywordsalkaline serine protease, native, excreted protease, subtilisin-like, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.49 Å
零角强度 I(0) i026580200.00
分子量 molecular_weight37234.0 kDa
排除体积 excluded_volume45531 ų
包络体积 envelope_volume50495 ų
水化壳体积 shell_volume21987 ų
包络直径 envelope_diameter62.0 Å
壳层 Rg shell_rg25.65 Å
包络 Rg envelope_rg18.75 Å
形状 Rg shape_rg18.48 Å
总 Rg total_rg19.37 Å
总原子数 total_atoms2608
残基数 n_residues358
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax61.0 Å
Rg (实空间) rg_real19.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.51 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8930
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.8 Å
偏度 Skewness skewness0.065
峰度 Kurtosis kurtosis-0.446
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5358000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.876; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)