SAXSdb — 9i7y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2B of GTPase KRas

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RASK_HUMAN
Isoform	P01116-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–171； UniProt 1–169 作者链 B； PDB构建体 3–171； UniProt 1–169 作者链 C； PDB构建体 3–171； UniProt 1–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9i7y
沉积日期 deposition_date	2025-02-03
最后修订 last_revision	2025-11-12
结构标题 title	Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor 7b
关键词 keywords	KRas, GTPase, Nucleotide-based Inhibitor, covalent, G13C, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9i7y__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9i7y__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9i7y__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.87 Å
Rg（电子密度）	14.42 Å
总 Rg	15.51 Å
原子数	1182
残基数	150
排除体积	20721 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9i7y__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9i7y__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9i7y__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2B of GTPase KRas
分子量 formula_weight	19490.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.5.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	3890

GHMTEYKLVVVGAGCVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETSLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLLVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate ;
分子量 formula_weight	625.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

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晶胞边长 a length_a	70.010 Å
晶胞边长 b length_b	84.760 Å
晶胞边长 c length_c	88.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	42.380 Å
R 因子 r_factor	0.1917
R_work r_work	0.1898
R_free r_free	0.2278

Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor 7b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2B of GTPase KRas

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9i7y__assembly_3__model_1

9i7y__assembly_3__model_1 | I(q)

9i7y__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor 7b

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2B of GTPase KRas

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9i7y__assembly_3__model_1

9i7y__assembly_3__model_1 | I(q)

9i7y__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)