9ibz

Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (composite)

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 130.3 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit gamma-1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 26–1217	未记录	DNA polymerase subunit gamma-2 × 2 （Q9UHN1） DNA (primer strand) × 1 DNA (template strand) × 1 CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9IBZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9G74 Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in replication conformer 提交 2024-07-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1217（1192 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
9G75 Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in intermediate conformer 提交 2024-07-19	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1217（1192 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9G77 Mouse mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex in error-editing conformer (composite) 提交 2024-07-19	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1217（1192 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.87 Å
9IBX Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer 提交 2025-02-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1217（1192 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
9IC0 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 26–1217（1192 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q75WC0_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 8–1199； UniProt 26–1217

DNA polymerase subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt Q9UHN1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 3 DNA 2 PDB 声明：pentameric（5）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 26–485 链 C； UniProt 26–485	突变：A169T	DNA polymerase subunit gamma-1 × 1 （Q75WC0） DNA (primer strand) × 1 DNA (template strand) × 1 CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9IBZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2G4C Crystal Structure of human DNA polymerase gamma accessory subunit 提交 2006-02-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；10%PEG 8000, 100 mM Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
2G4C Crystal Structure of human DNA polymerase gamma accessory subunit 提交 2006-02-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 26–485（460 aa）链 D 26–485（460 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8；298 K；10%PEG 8000, 100 mM Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
3IKL Crystal structure of Pol gB delta-I4. 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–146（146 aa）链 A 181–485（305 aa）链 B 1–146（146 aa）链 B 181–485（305 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.10 Å R-free 0.294
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 59–485（427 aa）片段：UNP residues 59-485 链 C 59–485（427 aa）片段：UNP residues 59-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.24 Å R-free 0.303
3IKM Crystal structure of human mitochondrial DNA polymerase holoenzyme 提交 2009-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 59–485（427 aa）片段：UNP residues 59-485 链 F 59–485（427 aa）片段：UNP residues 59-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.24 Å R-free 0.303
4ZTU Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2	分辨率 3.30 Å R-free 0.316
4ZTZ Structural basis for processivity and antiviral drug toxicity in human mitochondrial DNA replicase 提交 2015-05-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；297 K；PEG8000, KCl, CaCl2	分辨率 3.44 Å R-free 0.320
5C51 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.43 Å R-free 0.345
5C52 Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma 提交 2015-06-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	1RY [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；PEG4000, KCl, HEPES	分辨率 3.64 Å R-free 0.314
8D33 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GC basepair 提交 2022-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.46 Å
8D37 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in replication conformer 提交 2022-05-31	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
8D3R Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in intermediate conformer 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.04 Å
8D42 Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex with GT basepair in editing conformer (composite) 提交 2022-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
8G5I Cryo-EM structure of the Mismatch Sensing Complex (I) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.75 Å
8G5J Cryo-EM structure of the Mismatch Uncoupling Complex (II) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
8G5K Cryo-EM structure of the Wedge Alignment Complex (VIII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8G5L Cryo-EM structure of the Primer Separation Complex (IX) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8G5M Cryo-EM structure of the Mismatch Locking Complex (III) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
8G5N Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (VI) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
8G5O Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (IV) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.61 Å
8G5P Cryo-EM structure of the Guide loop Engagement Complex (V) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-02-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris-Hcl pH 7.9, 100 mM Nacl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
8T7E Cryo-EM structure of the Backtracking Initiation Complex (VII) of Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma 提交 2023-06-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM Tris, pH 7.9, 100 mM NaCl, 10 mM DTT, and 2 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
8UDK Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma R853A Ternary Complex 提交 2023-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；100 mM MES (pH 6.0), 150 mM NaCl, 10 mM CaCl2, 50 mM BME, 3% PEG 8000, 1-8% sucrose, 2% Jeffamine, 0.8 M NDSB	分辨率 3.43 Å R-free 0.234
8UDL Human Mitochondrial DNA Polymerase Gamma Binary Complex 提交 2023-09-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
8V54 Engaged conformation of the human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8V55 Human mitochondrial DNA polymerase gamma bound to a replication fork in an open conformation 提交 2023-11-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8V5R Active conformation of DNA polymerase gamma bound to DNA 提交 2023-11-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9GGB Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å
9GGC Structure of the G848S mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.39 Å
9GGD Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma in complex with PZL-A 提交 2024-08-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 A1IK1 1-[(4S)-8-chloranyl-3,4-dihydro-2H-chromen-4-yl]-3-(1-phenylpyrazol-3-yl)urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å
9GGE Structure of the A467T mutant of human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
9GGF Structure of WT human mitochondrial DNA polymerase gamma 提交 2024-08-13	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9IBX Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in replication conformer 提交 2025-02-14	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 1 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.54 Å
9IC0 Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in mouse-like error-editing conformer (composite) 提交 2025-02-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 26–485（460 aa）链 C 26–485（460 aa）	突变：A169T 突变：A169T	CA CALCIUM ION × 2 DCP 2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
9Y4C Strand displacement state I of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.23 Å
9Y4D Strand displacement state II of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
9Y4E Strand displacement state III of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9Y4F Strand displacement state IV of Human mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex 提交 2025-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–485（485 aa）链 C 1–485（485 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å

共 36 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–461； UniProt 26–485 作者链 C； PDB构建体 2–461； UniProt 26–485

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ibz
沉积日期 deposition_date	2025-02-14
最后修订 last_revision	2025-06-04
结构标题 title	Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (composite)
关键词 keywords	Mitochondrial DNA polymerase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.98 Å
零角强度 I(0) i0	676056000.00
分子量 molecular_weight	204510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	252070 Å³
包络体积 envelope_volume	345120 Å³
水化壳体积 shell_volume	68545 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.0 Å
壳层 Rg shell_rg	47.76 Å
包络 Rg envelope_rg	40.20 Å
形状 Rg shape_rg	40.99 Å
总 Rg total_rg	41.31 Å
总原子数 total_atoms	14339
残基数 n_residues	1721
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.3 Å
Rg (实空间) rg_real	41.31 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.86 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1500e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	676100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8803
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	48.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.253
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.485
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89710000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.944; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.614

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit gamma-1
分子量 formula_weight	135078.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14339

MHHHHHHVSSSVLDPVPSDGRPPSQMPSSENGQLRLNPLLIQMLSRGLHEQIFGCGGEMPDEAAVQRSVEHLQKHGLWGQPATPLPDVELRLPRLFGGNLDQHFRLLAQKQSLPYLEAAASLLEAQLPPEPKSWAWAEGWTRYGPEGEAEPVAIPEERALVFDVEVCLAEGTCPTLAVAISPSAWYSWCSRRLVEERYSWTSQLSPADLIPLGGSTSASSSTKQDGQEQLVVGHNVSFDRAHIREQYLIQDSRMRFLDTMSMHMAISGLSSFQRSLWMGAKQGKHKTQQSTKRGQKSPRKANGPAISSWDWMDISSANNLADVHNLYVGGPPLEKEPRELFVKGSMRDIRENFQDLMQYCARDVWATFEVFQQQLPLFLERCPHPVTLAGMLEMGVSYLPVNQNWERYLTEAQNTYEELQREMKKSLMDLANDACQLLSGERYKEDPWLWDLEWDLQEFKQKKAKKVKKPASASKLPIEGAGPFGDPMDQEDPGPPSEEEELQRSVTAHNRLQQLRSTTDLLPKRPQHLPGHPGWYRKLCPRLDDPAWAPGPSLLSLQMRVTPKLMALTWDGFPLHYSDSHGWGYLVPGRRDNLTEPPVSPTVESAAVTCPYRAIESLYRKHCLEQGKQQLEPQEVDLAEEFLLTDSSAMWQTVEELGCLDVEAEAKMENSGLSQPLVLPAACAPKSSQPTYHHGNGPYNDVNIPGCWFFKLPHKDGNNYNVGSPFAKDFLPKMEDGTLQAGPGGASGPRALEINKMISFWRNAHKRISSQMVVWLPRSALPRVVTRHPSFDEEGHYGAILPQVVTAGTITRRAVEPTWLTASNARPDRVGSELKAMVQAPPGYVLVGADVDSQELWIAAVLGDAHFAGMHGCTAFGWMTLQGRKSRGTDLHSKTAATVGISREHAKIFNYGRIYGAGQSFAERLLMQFNHRLTRQEAAEKAQQMYAVTKGLRRYRLSADGEWLVKQLNLPVDRTEDGWVSLQDLRMIRREASRKSRWKKWEVASERAWTGGTESEMFNKLESIAMSDTPRTPVLGCCISRALEPSVVQGEFITSRVNWVVQSSAVDYLHLMLVAMKWLFEEFAIDGRFCISIHDEVRYLVREEDRYRAALALQITNLLTRCMFAYKLGLNDLPQSVAFFSAVDIDQCLRKEVTMDCKTPSNPTGMERRYGIPQGEALDIYQIIELTKGSLEKRSQPGP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase subunit gamma-2
分子量 formula_weight	53229.7 kDa
突变 mutation	A169T
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MDAGQPELLTERSSPKGGHVKSHAELEGNGEHPEAPGSGEGSEALLEICQRRHFLSGSKQQLSRDSLLSGCHPGFGPLGVELRKNLAAEWWTSVVVFREQVFPVDALHHKPGPLLPGDSAFRLVSAETLREILQDKELSKEQLVTFLENVLKTSGKLRENLLHGALEHYVNCLDLVNKRLPYGLAQIGVCFHPVFDTKQIRNGVKSIGEKTEASLVWFTPPRTSNQWLDFWLRHRLQWWRKFAMSPSNFSSSDCQDEEGRKGNKLYYNFPWGKELIETLWNLGDHELLHMYPGNVSKLHGRDGRKNVVPCVLSVNGDLDRGMLAYLYDSFQLTENSFTRKKNLHRKVLKLHPCLAPIKVALDVGRGPTLELRQVCQGLFNELLENGISVWPGYLETMQSSLEQLYSKYDEMSILFTVLVTETTLENGLIHLRSRDTTMKEMMHISKLKDFLIKYISSAKNVHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (primer strand)
分子量 formula_weight	7780.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

GCATGCGGTCGAGTCTAGAGGAGCT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (template strand)
分子量 formula_weight	12162.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

TTTTTTTTTTATCCGGGCTCCTCTAGACTCGACCGCATGC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	467.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.080 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.08 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	370910

fit	/app/data/saxs_computation/ib/9ibz/9ibz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ib/9ibz/9ibz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ib/9ibz/9ibz.dat

Chimeric mitochondrial DNA polymerase gamma ternary complex (mAhB) in human-like error-editing conformer (composite)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase subunit gamma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase subunit gamma-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)