9ih6

A-SPECTRIN SH3 DOMAIN V9Y, A11V, V23L, M25V, V53L, V58L MUTANT

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 40.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spectrin alpha chain, non-erythrocytic 1

Gallus gallus

UniProt P07751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 965–1025 突变:V9Y, A11V, V23L, M25V, V53L, V58L GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;293 K;2M Ammonium Sulfate, 1M Na/K Tartrate and 0.1M Sodium Citrate 分辨率 1.31 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPTN1_CHICK
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–62; UniProt 965–1025

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ih6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ih6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ih6
沉积日期 deposition_date2025-02-20
结构标题 titleA-SPECTRIN SH3 DOMAIN V9Y, A11V, V23L, M25V, V53L, V58L MUTANT
关键词 keywordsThree-dimensional structure, SH3 domain, Cell signaling, Src-family, Hydrophobic-core mutations, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.04
零角强度 I(0) i01205200.00
分子量 molecular_weight7580.0 kDa
排除体积 excluded_volume9645 ų
包络体积 envelope_volume10539 ų
水化壳体积 shell_volume8360 ų
包络直径 envelope_diameter39.1
壳层 Rg shell_rg16.43
包络 Rg envelope_rg11.39
形状 Rg shape_rg11.00
总 Rg total_rg12.65
总原子数 total_atoms534
残基数 n_residues62
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.2
Rg (实空间) rg_real12.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21
I(0) (实空间) i0_real1.2050e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3140e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1205000.0000
解质量估计 total_estimate0.8828
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.3
偏度 Skewness skewness0.110
峰度 Kurtosis kurtosis-0.302
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha217900.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.850; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.928

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)