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9ihl

Crystal Structure of the Human Nonmuscle Myosin 2A Motor Domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 227.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Myosin-9,Alpha-actinin A

Dictyostelium discoideum

UniProt P05095

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 265–502 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；16% PEG3350, 240 mM Sodium thiocyanate 分辨率 2.02 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9IHL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1G8X STRUCTURE OF A GENETICALLY ENGINEERED MOLECULAR MOTOR 提交 2000-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 266–503（238 aa） 片段：MYOSIN II HEAVY CHAIN, MOTOR DOMAIN RESIDUES 1-761, AND ALPHA-ACTININ 3, REPEATS 1 AND 2 RESIDUES 765-1002
链 B 266–503（238 aa） 片段：MYOSIN II HEAVY CHAIN, MOTOR DOMAIN RESIDUES 1-761, AND ALPHA-ACTININ 3, REPEATS 1 AND 2 RESIDUES 765-1002
突变：ARG238GLU 突变：ARG238GLU MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；280 K；12% PEGM 5000; 170 mM NaCl; 50 mM HEPES (NaOH) pH 7.2; 5 mM MgCl2; 5 mM DTT; 0.5 mM EGTA; and 2% 2-methyl-1,3-propanediol, at 280 K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
4PD3 Crystal Structure of Rigor-Like Human Nonmuscle Myosin-2B 提交 2014-04-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 265–502（238 aa） 片段：UNP P35580 residues 1-782, UNP P05095 residues 265-502
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291.15 K；10% PEG-6000, 0.1 M Tris pH 7.5
分辨率 2.84 Å R-free 0.288
4PD3 Crystal Structure of Rigor-Like Human Nonmuscle Myosin-2B 提交 2014-04-17 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 265–502（238 aa） 片段：UNP P35580 residues 1-782, UNP P05095 residues 265-502
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；291.15 K；10% PEG-6000, 0.1 M Tris pH 7.5
分辨率 2.84 Å R-free 0.288
5I4E Crystal Structure of Human Nonmuscle Myosin 2C motor domain 提交 2016-02-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 265–489（225 aa） 片段：UNP residues 265-489,UNP residues 265-489
未记录 AOV ADP ORTHOVANADATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；281.15 K；TRIS PH 8.2, PEG 5K MME, MPD, NACL.
分辨率 2.25 Å R-free 0.241
5JLH Cryo-EM structure of a human cytoplasmic actomyosin complex at near-atomic resolution 提交 2016-04-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 F 265–502（238 aa）
链 G 265–502（238 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；5 mM Tris-HCl pH 7.5, 1 mM DTT, 100 mM KCl, and 2 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Sample (2 uL of F-actin-tropomyosin solution) was applied to a glow-discharged holey carbon grid, incubated for 20 s and manually blotted from the backside for less than a second with filter paper. Afterwards 1.5 uL of myosin solution (3 uM without nucleotide) were added directly on the grid, incubated for 10 s and then manually blotted for 5 s from the backside with filter paper.
分辨率 3.90 Å

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTNA_DICDI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 778–1015； UniProt 265–502

Myosin-9,Alpha-actinin A

Dictyostelium discoideum

UniProt P35579

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–775 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；16% PEG3350, 240 mM Sodium thiocyanate 分辨率 2.02 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9IHL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LNK Solution structure of Ca-bound S100A4 in complex with non-muscle myosin IIA 提交 2011-12-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1897–1935（39 aa） 片段：UNP residues 1897-1935
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.1；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM protein_1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 5 mM CALCIUM ION, 20 mM MES, 20 mM sodium chloride, 4 mM TCEP, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
3ZWH Ca2+-bound S100A4 C3S, C81S, C86S and F45W mutant complexed with myosin IIA 提交 2011-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Q 1893–1937（45 aa） 片段：RESIDUES 1893-1937
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 ACT ACETATE ION × 2 AZI AZIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；30% PEG 4000, 0.2 M NA-ACETATE PH 5.6, 0.1 M NA-CITRATE.
分辨率 1.94 Å R-free 0.206
4CFQ Ca-bound truncated (delta13C) and C3S, C81S and C86S mutated S100A4 complexed with non-muscle myosin IIA 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 R 1893–1937（45 aa） 片段：RESIDUES 1893-1937
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M MIB, PH 4, 25% W/V PEG 1500
分辨率 1.37 Å R-free 0.193
4CFQ Ca-bound truncated (delta13C) and C3S, C81S and C86S mutated S100A4 complexed with non-muscle myosin IIA 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Q 1893–1937（45 aa） 片段：RESIDUES 1893-1937
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.1 M MIB, PH 4, 25% W/V PEG 1500
分辨率 1.37 Å R-free 0.193
4CFR Ca-bound S100A4 C3S, C81S, C86S and F45W mutant complexed with non- muscle myosin IIA 提交 2013-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 Q 1893–1937（45 aa） 片段：RESIDUES 1893-1935
突变：YES CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.6；0.2 M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE PH4.6, 30% W/V PEG 4000
分辨率 1.40 Å R-free 0.175
4ETO Structure of S100A4 in complex with non-muscle myosin-IIA peptide 提交 2012-04-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 1908–1923（16 aa） 片段：Coiled coil region residues 1908-1923
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；0.1 M HEPES pH 7.0, 30% (v/v) Jeffamine ED-2001, Vapor diffusion, Sitting drop, temperature 298K
分辨率 1.54 Å R-free 0.251
9SYU shutdown state non-muscle myosin 2A heads region 提交 2025-10-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 A 1–1960（1960 aa）
链 B 1–1960（1960 aa）
链 G 1–1960（1960 aa）
链 H 1–1960（1960 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；140 mM KCl, 10 mM MOPS pH 7.2, 0.1 mM EGTA, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP. 1 mM Bissulfosuccinimidyl suberate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9SZR shutdown state non-muscle myosin 2A heads region 提交 2025-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1960（1960 aa）
链 B 1–1960（1960 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2；140 mM KCl, 10 mM MOPS pH 7.2, 0.1 mM EGTA, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP. 1 mM Bissulfosuccinimidyl suberate
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MYH9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–775； UniProt 1–775

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ihl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ihl
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ihl
沉积日期 deposition_date2025-02-21
结构标题 titleCrystal Structure of the Human Nonmuscle Myosin 2A Motor Domain
关键词 keywordsMyosin, NM2A, human, motor, protein, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.85 Å
零角强度 I(0) i0176536000.00
分子量 molecular_weight108940.0 kDa
排除体积 excluded_volume136800 ų
包络体积 envelope_volume195960 ų
水化壳体积 shell_volume39482 ų
包络直径 envelope_diameter218.5 Å
壳层 Rg shell_rg41.87 Å
包络 Rg envelope_rg55.59 Å
形状 Rg shape_rg52.84 Å
总 Rg total_rg52.30 Å
总原子数 total_atoms7668
残基数 n_residues953
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax227.9 Å
Rg (实空间) rg_real52.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error4.46 Å
I(0) (实空间) i0_real1.7650e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7450e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal175900000.0000
解质量估计 total_estimate0.6138
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary35.6 Å
偏度 Skewness skewness1.030
峰度 Kurtosis kurtosis0.271
角度范围 angular_range— – 0.1600 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha16650000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.004; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.964
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)