9irs

Cryo-EM structure of the TCR-OKT3 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

Homo sapiens

UniProt P20963

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 （P04234） T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 （P07766） T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 （P09693） CD3-a × 1 CD3-b × 1 OKT3-H × 2 OKT3-L × 2 CHOLESTEROL × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3Z_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 a； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 b； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

Homo sapiens

UniProt P04234

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 （P20963） T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 （P07766） T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 （P09693） CD3-a × 1 CD3-b × 1 OKT3-H × 2 OKT3-L × 2 CHOLESTEROL × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3D_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 d； PDB构建体 1–171； UniProt 1–171

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

Homo sapiens

UniProt P07766

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 （P20963） T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 （P04234） T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain × 1 （P09693） CD3-a × 1 CD3-b × 1 OKT3-H × 2 OKT3-L × 2 CHOLESTEROL × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3E_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 e； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207 作者链 f； PDB构建体 1–207； UniProt 1–207

T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

Homo sapiens

UniProt P09693

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain × 2 （P20963） T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain × 1 （P04234） T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain × 2 （P07766） CD3-a × 1 CD3-b × 1 OKT3-H × 2 OKT3-L × 2 CHOLESTEROL × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CD3G_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 g； PDB构建体 1–182； UniProt 1–182

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9irs
沉积日期 deposition_date	2024-07-16
结构标题 title	Cryo-EM structure of the TCR-OKT3 complex
关键词 keywords	immune, complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9irs__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9irs__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9irs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	53.67 Å
Rg（电子密度）	54.16 Å
总 Rg	54.16 Å
原子数	14979
残基数	1921
排除体积	266010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9irs__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
分子量 formula_weight	18810.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,b
原子数 atom_count	14979

MKWKALFTAAILQAQLPITEAQSFGLLDPKLCYLLDGILFIYGVILTALFLRVKFSRSADAPAYQQGQNQLYNELNLGRREEYDVLDKRRGRDPEMGGKPQRRKNPQEGLYNELQKDKMAEAYSEIGMKGERRRGKGHDGLYQGLSTATKDTYDALHMQALPPRS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain
分子量 formula_weight	18949.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	d

MEHSTFLSGLVLATLLSQVSPFKIPIEELEDRVFVNCNTSITWVEGTVGTLLSDITRLDLGKRILDPRGIYRCNGTDIYKDKESTVQVHYRMCQSCVELDPATVAGIIVTDVIATLLLALGVFCFAGHETGRLSGAADTQALLRNDQVYQPLRDRDDAQYSHLGGNWARNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
分子量 formula_weight	23174.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,e

MQSGTHWRVLGLCLLSVGVWGQDGNEEMGGITQTPYKVSISGTTVILTCPQYPGSEILWQHNDKNIGGDEDDKNIGSDEDHLSLKEFSELEQSGYYVCYPRGSKPEDANFYLYLRARVCENCMEMDVMSVATIVIVDICITGGLLLLVYYWSKNRKAKAKPVTRGAGAGGRQRGQNKERPPPVPNPDYEPIRKGQRDLYSGLNQRRI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain
分子量 formula_weight	20493.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g

MEQGKGLAVLILAIILLQGTLAQSIKGNHLVKVYDYQEDGSVLLTCDAEAKNITWFKDGKMIGFLTEDKKKWNLGSNAKDPRGMYQCKGSQNKSKPLQVYYRMCQNCIELNAATISGFLFAEIVSIFVLAVGVYFIAGQDGVRQSRASDKQTLLPNDQLYQPLKDREDDQYSHLQGNQLRRN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	CD3-a
分子量 formula_weight	30763.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	m

MKSLRVLLVILWLQLSWVWSQQKEVEQDPGPLSVPEGAIVSLNCTYSNSAFQYFMWYRQYSRKGPELLMYTYSSGNKEDGRFTAQVDKSSKYISLFIRDSQPSDSATYLCAMSKGYSTLTFGKGTMLLVSPDIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKTVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESSCDVKLVEKSFETDTNLNFQNLSVIGFRILLLKVAGFNLLMTLRLWSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	CD3-b
分子量 formula_weight	34614.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n

MSISLLCCAALSLLWAGPVNAGVTQTPKFQVLKTGQSMTLQCAQDMNHEYMSWYRQDPGMGLRLIHYSVGAGITDQGEVPNGYNVSRSTTEDFPLRLLSAAPSQTSVYFCASRRRQGASGEQYFGPGTRLTVTEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVSTDPQPLKEQPALNDSRYCLSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRADCGFTSESYQQGVLSATILYEILLGKATLYAVLVSALVLMAMVKRKDSRG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	OKT3-H
分子量 formula_weight	23840.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,S

QVQLQQSGAELARPGASVKMSCKASGYTFTRYTMHWVKQRPGQGLEWIGYINPSRGYTNYNQKFKDKATLTTDKSSSTAYMQLSSLTSEDSAVYYCARYYDDHYCLDYWGQGTTLTVSSAKTTAPSVYPLAPVCGGTTGSSVTLGCLVKGYFPEPVTLTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVTSSTWPSQSITCNVAHPASSTKVDKKIEPR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	OKT3-L
分子量 formula_weight	23378.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,T

QIVLTQSPAIMSASPGEKVTMTCSASSSVSYMNWYQQKSGTSPKRWIYDTSKLASGVPAHFRGSGSGTSYSLTISGMEAEDAATYYCQQWSSNPFTFGSGTKLEINRADTAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.18 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	502960

Cryo-EM structure of the TCR-OKT3 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD3 delta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell surface glycoprotein CD3 gamma chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9irs__assembly_1__model_1

9irs__assembly_1__model_1 | I(q)

9irs__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)