9is6

CryoEM structure of Plant-Complex-C-5b

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 160.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9is6
沉积日期 deposition_date	2024-07-17
结构标题 title	CryoEM structure of Plant-Complex-C-5b
关键词 keywords	complex, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.57 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.85 Å
零角强度 I(0) i0	675023000.00
分子量 molecular_weight	211790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	264190 Å³
包络体积 envelope_volume	407350 Å³
水化壳体积 shell_volume	75249 Å³
包络直径 envelope_diameter	171.3 Å
壳层 Rg shell_rg	50.13 Å
包络 Rg envelope_rg	44.24 Å
形状 Rg shape_rg	44.93 Å
总 Rg total_rg	44.84 Å
总原子数 total_atoms	14912
残基数 n_residues	1987
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.2 Å
Rg (实空间) rg_real	45.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.7500e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	675100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8676
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.287
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.223
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.772; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.961

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 1
分子量 formula_weight	50650.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	14912

MERDEEASGPMMEMCTNGGEETSNRRPIISGEPLDIEAYAALYKGRTKIMRLLFIANHCGGNHALQFDALRMAYDEIKKGENTQLFREVVNKIGNRLGEKYGMDLAWCEAVDRRAEQKKVKLENELSSYRTNLIKESIRMGYNDFGDFYYACGMLGDAFKNYIRTRDYCTTTKHIIHMCMNAILVSIEMGQFTHVTSYVNKAEQNPETLEPMVNAKLRCASGLAHLELKKYKLAARKFLDVNPELGNSYNEVIAPQDIATYGGLCALASFDRSELKQKVIDNINFRNFLELVPDVRELINDFYSSRYASCLEYLASLKSNLLLDIHLHDHVDTLYDQIRKKALIQYTLPFVSVDLSRMADAFKTSVSGLEKELEALITDNQIQARIDSHNKILYARHADQRNATFQKVLQMGNEFDRDVRAMLLRANLLKHEYHARSARKL

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 8
分子量 formula_weight	22573.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MDLSPVKEALAAKSFDKIADICDTLMLQVASEGIEYHDDWPYAIHLLGYFYVDDCDSARFLWKRIPTAIKERKPEVVAAWGIGQKLWTHDYAGVYEAIRGYDWSQEAKDMVAAFSDLYTKRMFQLLLSAYSTITIHDLALFLGMTEDDATTYVVENGWTVDAASQMASVKKQAVKREQKVDSSKLQRLTEYVFHLEH

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 7
分子量 formula_weight	29508.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MDIEQKQAEIIDQLVKRASTCKSEALGPLIIEATSHPSLFAFSEILALPNVAQLEGTTDSVYLDLLRLFAHGTWGDYKCNATRLPHLSPDQILKLKQLTVLTLAESNKVLPYDTLMVELDVSNVRELEDFLINECMYAGIVRGKLDQLKRCFEVPFAAGRDLRPGQLGNMLHTLSNWLNTSENLLISIQDKIKWADNMSEMDKKHRKEAEEGVEEVKKSLSMKGDVDIRGNKEMFGEPSGVMDYEEDGIRPKRRRHPVTR

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 6b
分子量 formula_weight	35446.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAPSSSSGLTFKLHPLVMLNISDHFTRVKTQLNPPAASCATGNGSNNADAMLLQNPRVYGCVIGLQRGRTVEIFNSFELIFDPALDTLDRSFLEKKQELYKKVFPDFYVLGWYSTGSDATESDMHIHKALMDINESPVYVLLNPAINHAQKDLPVTIYESEFHVIDGIPQSIFVHTSYTIETVEAERISVDHVAHLKPSDGGSAATQLAAHLTGIHSAIKMLNSRIRVLYQHIVAMQKGDKPCENSVLRQVSSLLRSLPAAESEKFNENFLMEYNDKLLMSYLAMITNCTSNMNEVVDKFNTAYDKHSRRGGRTAFM

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 5b
分子量 formula_weight	40362.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MEGSSSTIARKTWELENSILTVDSPDSTSDNIFYYDDTSQTRFQQEKPWENDPHYFKRVKISALALLKMVVHARSGGTIEIMGLMQGKTDGDTIIVMDAFALPVEGTETRVNAQDDAYEYMVEYSQTNKLAGRLENVVGWYHSHPGYGCWLSGIDVSTQRLNQQHQEPFLAVVIDPTRTVSAGKVEIGAFRTYSKGYKPPDEPVSEYQTIPLNKIEDFGVHCKQYYSLDVTYFKSSLDSHLLDLLWNKYWVNTLSSSPLLGNGDYVAGQISDLAEKLEQAESHLVQSRFGGVVPSSLHKKKEDESQLTKITRDSAKITVEQVHGLMSQVIKDELFNSMRQSNNKSPTDSSDPDPMITY

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 6 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 3
分子量 formula_weight	47792.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MIGAVNSVEAVITSIQGLSGSPEDLSALHDLLRGAQDSLRAEPGVNFSTLDQLDASKHSLGYLYFLEVLTCGPVSKEKAAYEIPIIARFINSCDAGQIRLASYKFVSLCKILKDHVIALGDPLRGVGPLLNAVQKLQVSSKRLTALHPDVLQLCLQAKSYKSGFSILSDDIVEIDQPRDFFLYSYYGGMICIGLKRFQKALELLYNVVTAPMHQVNAIALEAYKKYILVSLIHNGQFTNTLPKCASTAAQRSFKNYTGPYIELGNCYNDGKIGELEALVVARNAEFEEDKNLGLVKQAVSSLYKRNILRLTQKYLTLSLQDIANMVQLGNAKEAEMHVLQMIQDGQIHALINQKDGMVRFLEDPEQYKSSEMIEIMDSVIQRTIGLSKNLLAMDESLSCDPLYLGKVGRERQRYDFGDDFDTVPQKFSM

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 4
分子量 formula_weight	45007.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MDEALTNASAIGDQRQKIEQYKLILSSVLSSNDLLQAQRFIDHILSDDVPLVVSRQLLQSFAQELGRLEPETQKEIAQFTLTQIQPRVVSFEEQALVIREKLAGLYESEQEWSKAAQMLSGIDLDSGMRAVDDNFKLSKCIQIARLYLEDDDAVNAEAFINKASFLVSNSQNEVLNLQYKVCYARILDMKRKFLEAALRYYGISQIEQRQIGDEEIDENALEQALSAAVTCTILAGAGPQRSRVLATLYKDERCSKLKIYPILQKVYLERILRRPEIDAFSEELRPHQKASLPDKSTVLDRAMIEHNLLSASKLYTNIRFDELGTLLAIDPRKAEKIAANMIGQDRMRGSIDQEEAVIHFEDDVEELQQWDQQISGLCQALNDILDGMAKKGMSVPV

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 8 polymer

描述 description	COP9 signalosome complex subunit 2
分子量 formula_weight	51254.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MASDADMEDYGFEYSDEEQEEQDVDIENQYYNSKGMVETEPEEALSGFAEVVQMEPEKADWGFKALKQTVKIYYRLGKYKEMMEAYTEMLTYIKSAVTRNYSEKCINNIMDFVSGSASQNTGLLQEFYQTTLKALEEAKNERLWFKTNLKLCNIWFDIGEYRRMTKILKELHKSCQKEDGTDDQKKGSQLLEVYAIEIQIYTETKDNKKLKQLYHKALAIKSAIPHPRIMGIIRECGGKMHMAERQWEEAATDFFEAFKNYDEAGNQRRIQCLKYLVLANMLMESEVNPFDGQEAKPYKNDPEILAMTNLIAAYQRNEIIEFERILKSNRRTIMDDPFIRNYMEDLLKKVRTQVLLKLIKPYTKIGIPFISKELNVPETDVTELLVSLILDSRIDGHIDEMNRYLLRGDSGNGRKLHKAVDKWNSQLKSLSSNITSRVC

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	thale cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.32 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	69921

fit	/app/data/saxs_computation/is/9is6/9is6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/9is6/9is6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/9is6/9is6.dat

CryoEM structure of Plant-Complex-C-5b

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (9)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)