SAXSdb — 9isl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–301 链 B； UniProt 1–301 链 C； UniProt 1–301 链 D； UniProt 1–301	未记录	A1L23 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid × 4 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；0.09 M NPS, Morpheus Buffer System 2 pH 7.5, 42% Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.06 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9ISL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A4I HUMAN TETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE 提交 1998-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–300（300 aa）链 B 1–300（300 aa）	未记录	NDP NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；pH 5.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.235
1DIA HUMAN METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE COMPLEXED WITH NADP AND INHIBITOR LY249543 提交 1999-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–306（306 aa）链 B 1–306（306 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 L24 [[[2-AMINO-5,6,7,8-TETRAHYDRO-4-HYDROXY-PYRIDO[2,3-D]PYRIMIDIN-6-YL]-ETHYL]-PHENYL]-CARBONYL-GLUTAMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
1DIB HUMAN METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE COMPLEXED WITH NADP AND INHIBITOR LY345899 提交 1999-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–306（306 aa）链 B 1–306（306 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 L34 4-(7-AMINO-9-HYDROXY-1-OXO-3,3A,4,5-TETRAHYDRO-2,5,6,8,9B-PENTAAZA-CYCLOPENTA[A]NAPHTHALEN-2-YL)-PHENYLCARBONYL-GLUTAMI C ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 2.70 Å R-free 0.240
1DIG HUMAN METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE / CYCLOHYDROLASE COMPLEXED WITH NADP AND INHIBITOR LY374571 提交 1999-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–306（306 aa）链 B 1–306（306 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 L37 [[N'-(2,5-DIAMINO-6-HYDROXY-PYRIMIDIN-4-YL)-UREAYL]-PHEN-4-YL]-CARBONYL-GLUTAMIC ACID × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 2.20 Å R-free 0.267
6ECP The human methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase (FolD) complexed with NADP and inhibitor LY249543 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 B 1–296（296 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 21V N-(4-{2-[(6S)-2-amino-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropyrido[2,3-d]pyrimidin-6-yl]ethyl}benzoyl)-L-glutamic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 20K	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
6ECQ The human methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase (FolD) complexed with NADP and inhibitor LY345899 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 B 1–296（296 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 LUD N-{4-[(6aR)-3-amino-1,9-dioxo-1,2,5,6,6a,7-hexahydroimidazo[1,5-f]pteridin-8(9H)-yl]benzene-1-carbonyl}-L-glutamic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 20K.	分辨率 2.70 Å R-free 0.247
6ECR The human methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase (FolD) complexed with NADP 提交 2018-08-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–296（296 aa）链 B 1–296（296 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；PEG 3350, GLYCEROL, SODIUM CITRATE, AMMONIUM ACETATE, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 20K.	分辨率 2.20 Å R-free 0.219
9ISE Human MTHFD1 in complex with LY374571 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–301（300 aa）链 B 2–301（300 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 9L9 (2S)-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1H-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2 pH 7.5, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 1.99 Å R-free 0.241
9ISE Human MTHFD1 in complex with LY374571 提交 2024-07-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–301（300 aa）链 D 2–301（300 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 9L9 (2S)-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1H-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2 pH 7.5, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 1.99 Å R-free 0.241
9ISR Human MTHFD1 in complex with compound 16g 提交 2024-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–301（300 aa）链 B 2–301（300 aa）	未记录	A1L24 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
9ISR Human MTHFD1 in complex with compound 16g 提交 2024-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–301（300 aa）链 D 2–301（300 aa）	未记录	A1L24 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
9ITD Human MTHFD1 in complex with compound 16a 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–301（300 aa）链 B 2–301（300 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 A1L22 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.28 Å R-free 0.299
9ITD Human MTHFD1 in complex with compound 16a 提交 2024-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–301（300 aa）链 D 2–301（300 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 A1L22 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]phenyl]carbonylamino]-4-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)butanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.28 Å R-free 0.299
9IUO Human MTHFD1 in complex with compound 16d 提交 2024-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–301（300 aa）链 B 2–301（300 aa）	未记录	A1L25 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-methyl-phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.09 Å R-free 0.259
9IUO Human MTHFD1 in complex with compound 16d 提交 2024-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–301（300 aa）链 D 2–301（300 aa）	未记录	A1L25 (2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-methyl-phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；NPS, Morpheus Buffer System 2, Morpheus Precipitant Mix 4	分辨率 2.09 Å R-free 0.259

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C1TC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301 作者链 B； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301 作者链 C； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301 作者链 D； PDB构建体 1–301； UniProt 1–301

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9isl
沉积日期 deposition_date	2024-07-18
最后修订 last_revision	2025-01-01
结构标题 title	Human MTHFD1 in complex with compound 16e
关键词 keywords	MTHFD1, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, Oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.95 Å
零角强度 I(0) i0	504062000.00
分子量 molecular_weight	118270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	112750 Å³
包络体积 envelope_volume	201580 Å³
水化壳体积 shell_volume	49275 Å³
包络直径 envelope_diameter	118.2 Å
壳层 Rg shell_rg	40.80 Å
包络 Rg envelope_rg	33.72 Å
形状 Rg shape_rg	33.98 Å
总 Rg total_rg	34.25 Å
总原子数 total_atoms	8908
残基数 n_residues	1148
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.2 Å
Rg (实空间) rg_real	34.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.74 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.22 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	504100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8877
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.330
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	77250000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.850

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic
分子量 formula_weight	33721.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	9258

MAPAEILNGKEISAQIRARLKNQVTQLKEQVPGFTPRLAILQVGNRDDSNLYINVKLKAAEEIGIKATHIKLPRTTTESEVMKYITSLNEDSTVHGFLVQLPLDSENSINTEEVINAIAPEKDVDGLTSINAGRLARGDLNDCFIPCTPKGCLELIKETGVPIAGRHAVVVGRSKIVGAPMHDLLLWNNATVTTCHSKTAHLDEEVNKGDILVVATGQPEMVKGEWIKPGAIVIDCGINYVPDDKKPNGRKVVGDVAYDEAKERASFITPVPGGVGPMTVAMLMQSTVESAKRFLEKFKPGLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-[[4-[[2,4-bis(azanyl)-6-oxidanylidene-1~{H}-pyrimidin-5-yl]carbamoylamino]-3-chloranyl-phenyl]carbonylamino]pentanedioic acid ;
分子量 formula_weight	467.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	350

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	65.020 Å
晶胞边长 b length_b	200.679 Å
晶胞边长 c length_c	240.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	29.690 Å
R 因子 r_factor	0.2086
R_work r_work	0.2064
R_free r_free	0.2502

fit	/app/data/saxs_computation/is/9isl/9isl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/is/9isl/9isl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/is/9isl/9isl.dat

Human MTHFD1 in complex with compound 16e

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-1-tetrahydrofolate synthase, cytoplasmic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction