9iv7

Crystal structure of CcmS-CcmK1-CcmK2 complex from Synechocystis sp. PCC 6803

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 121.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9iv7
沉积日期 deposition_date	2024-07-23
结构标题 title	Crystal structure of CcmS-CcmK1-CcmK2 complex from Synechocystis sp. PCC 6803
关键词 keywords	cyanobacteria, CO2-concentrating mechanism, carboxysome assembly, shell proteins, chaperone, Synechocystis sp. PCC 6803; CHAPERONE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.40 Å
零角强度 I(0) i0	135551000.00
分子量 molecular_weight	94933.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119680 Å³
包络体积 envelope_volume	158830 Å³
水化壳体积 shell_volume	38945 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.36 Å
包络 Rg envelope_rg	34.55 Å
形状 Rg shape_rg	35.45 Å
总 Rg total_rg	35.62 Å
总原子数 total_atoms	6694
残基数 n_residues	864
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3560e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1770e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	135500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8676
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.393
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.326
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.866; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.899; Smooth: 0.779

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Slr1911 protein
分子量 formula_weight	16227.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,G
原子数 atom_count	7073

MFSPDPILPDDGQHPWRYRLDQFTKEEQTALGALAWAFYQQWPAKEQYLGLDLHPQAHFISCAPQAIAQLNDQVNGRIQEMVGILYGYDPRTEVAIFVIGPTQFKLLFFQPIPDPASCFAALGLTIEELKHRLEKTLQEKLA

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Carboxysome shell protein CcmK1
分子量 formula_weight	12115.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,F,H

MSIAVGMIETLGFPAVVEAADSMVKAARVTLVGYEKIGSGRVTVIVRGDVSEVQASVTAGIENIRRVNGGEVLSNHIIARPHENLEYVLPIRYTEAVEQFREIVNPSIIRR

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Carboxysome shell protein CcmK2
分子量 formula_weight	11146.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MSIAVGMIETRGFPAVVEAADSMVKAARVTLVGYEKIGSGRVTVIVRGDVSEVQASVSAGIEAANRVNGGEVLSTHIIARPHENLEYVLPIRYTEEVEQFRTY

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803 substr. Kazusa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1111708
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	379

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	133.931 Å
晶胞边长 b length_b	58.039 Å
晶胞边长 c length_c	188.768 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	13.240 Å
R 因子 r_factor	0.2160
R_work r_work	0.2146
R_free r_free	0.2406

fit	/app/data/saxs_computation/iv/9iv7/9iv7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iv/9iv7/9iv7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iv/9iv7/9iv7.dat

Crystal structure of CcmS-CcmK1-CcmK2 complex from Synechocystis sp. PCC 6803

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)