SAXSdb — 9j09

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j09
沉积日期 deposition_date	2024-08-02
结构标题 title	Cryo-EM structure of the RdCas12n-sgRNA-DNA complex
关键词 keywords	CRISPR-Cas, Complex, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA-RNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.00 Å
零角强度 I(0) i0	199027000.00
分子量 molecular_weight	77034.0 kDa
排除体积 excluded_volume	81220 Å³
包络体积 envelope_volume	126940 Å³
水化壳体积 shell_volume	36298 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.08 Å
包络 Rg envelope_rg	29.84 Å
形状 Rg shape_rg	29.94 Å
总 Rg total_rg	30.50 Å
总原子数 total_atoms	5227
残基数 n_residues	407
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.3 Å
Rg (实空间) rg_real	30.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9900e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	199000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8947
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.363
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8173000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.911; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.895

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Transposase
分子量 formula_weight	61318.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5227

MATTDKKDEENLRAYKFRLDPNQAQTTALYQAVGAARYTYNMLTAYNLEVNRLRDDYWKRRHDEDISDADIKKELNALAKEDKRYKQLNYGAFGTQYLTPEKKRHEQAEHRIENGEDPSVVWNQETERSANPWLHTANQRVLVSGLQNASDAWDNFWASRTGKRAGRLVGTPRFKKKGVSRDSFTVPAPEKMGAYGTAYLRGEPAYKQGRRKITDYRHVRLSYLGTIRTFNSTKPLVKAVVAGAKIRSYTVSRNADRWYVSFLVKFSEPIRRSATKRARAAGSVGVDLGVKYLASLSDSEAPQRFPNLKFVEGLPSLENPRWSEASSRRLHKLQRALARSQKGSNRRSRLVKQIARLHHMTALRRESNLHQLTKKLATEYTLVGFEDLNVSGMTASAKGTVENPGKNVAQKSGLNRVVLDAAFGVFRNQLEYKAVWYGSAFEKVDRYFASSQTCSECGRKAKTKLTLRDRVFDCAYCGNMMDRDLNAAVNICREAQRLFDEKLASEDRESLNGRGSRGALRGAETVEASRPPASHRRGSP

来源 Source

来源生物 organism	Rothia dentocariosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2047
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (40-MER)
分子量 formula_weight	12205.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGCAGTGTTTTCACTTTCACCTGAACCGGTTTCTCACAGC

Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPTPGPTPGPAPGPAPAPAPCPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	4329.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCTGTGAGAAACCG

Entity 4 polymer

描述 description	sgRNA
分子量 formula_weight	69274.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

CUUUUUGACGAAAAACUCGCCUCAGAAGAUAGGGAGAGUCUAAACGGACGUGGAAGUCGAGGCGCUCUUCGGGGUGCUGAGACUGUGGAAGCGUCAAGACCACCUGCGAGUCAUCGUAGAGGGUCACCGUAGAUGAGUAAUCAUCUGCCCAUCUAUUGCAUUAUGCACGCGAAAGCGUGUGCAUGGGUGGUUCCCGGUUCAGGUGAAAGUGAAA

来源 Source

来源生物 organism	Rothia dentocariosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2047
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.95 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	879820

fit	/app/data/saxs_computation/j0/9j09/9j09.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j0/9j09/9j09.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j0/9j09/9j09.dat

Cryo-EM structure of the RdCas12n-sgRNA-DNA complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)