9j3p

Human Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ions Crystallized in P2(1)2(1)2(1) Space Group

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 137.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j3p
沉积日期 deposition_date	2024-08-08
结构标题 title	Human Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ions Crystallized in P2(1)2(1)2(1) Space Group
关键词 keywords	metal-binding protein, signaling protein, neurotrophic factor, anti-tumorigenic factor; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.08 Å
零角强度 I(0) i0	593291000.00
分子量 molecular_weight	207170.0 kDa
排除体积 excluded_volume	262220 Å³
包络体积 envelope_volume	356210 Å³
水化壳体积 shell_volume	69733 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.1 Å
壳层 Rg shell_rg	48.21 Å
包络 Rg envelope_rg	41.48 Å
形状 Rg shape_rg	42.05 Å
总 Rg total_rg	42.50 Å
总原子数 total_atoms	29222
残基数 n_residues	1856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	137.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.06 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9330e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2130e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	593400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9014
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	55.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.149
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.549
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	97820000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.965

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Pigment epithelium-derived factor
分子量 formula_weight	44311.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	30200

NPASPPEEGSPDPDSTGALVEEEDPFFKVPVNKLAAAVSNFGYDLYRVRSSTSPTTNVLLSPLSVATALSALSLGAEQRTESIIHRALYYDLISSPDIHGTYKELLDTVTAPQKNLKSASRIVFEKKLRIKSSFVAPLEKSYGTRPRVLTGNPRLDLQEINNWVQAQMKGKLARSTKEIPDEISILLLGVAHFKGQWVTKFDSRKTSLEDFYLDEERTVRVPMMSDPKAVLRYGLDSDLSCKIAQLPLTGSMSIIFFLPLKVTQNLTLIEESLTSEFIHDIDRELKTVQAVLTVPKLKLSYEGEVTKSLQEMKLQSLFDSPDFSKITGKPIKLTQVEHRAGFEWNEDGAGTTPSPGLQPAHLTFPLDYHLNQPFIFVLRDTDTGALLFIGKILDPRGP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL
分子量 formula_weight	120.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	658

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	74.234 Å
晶胞边长 b length_b	131.567 Å
晶胞边长 c length_c	227.831 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	19.950 Å
R 因子 r_factor	0.2187
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2514

fit	/app/data/saxs_computation/j3/9j3p/9j3p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j3/9j3p/9j3p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j3/9j3p/9j3p.dat

Human Pigment Epithelium-Derived Factor with Zinc Ions Crystallized in P2(1)2(1)2(1) Space Group

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction