9j56

Functional Investigation of the SAM-Dependent Methyltransferases Rdmb in Anthracycline Biosynthesis

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 103.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j56
沉积日期 deposition_date	2024-08-11
最后修订 last_revision	2024-11-06
结构标题 title	Functional Investigation of the SAM-Dependent Methyltransferases Rdmb in Anthracycline Biosynthesis
关键词 keywords	Methyltransferase domain-containing protein, RdmB, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.11 Å
零角强度 I(0) i0	83006900.00
分子量 molecular_weight	71785.0 kDa
排除体积 excluded_volume	89721 Å³
包络体积 envelope_volume	107600 Å³
水化壳体积 shell_volume	32354 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.64 Å
包络 Rg envelope_rg	29.29 Å
形状 Rg shape_rg	29.11 Å
总 Rg total_rg	29.58 Å
总原子数 total_atoms	5038
残基数 n_residues	666
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	103.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3010e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	83000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8293
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.602
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.053
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31490000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.787

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Aclacinomycin 10-hydroxylase RdmB
分子量 formula_weight	39837.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5270

MSSSSPGEPLEPTDQDLDVLLKNLGNLVTPMALRVAATLRLVDHLLAGADTLAGLADRTDTHPQALSRLVRHLTVVGVLEGGEKQGRPLRPTRLGMLLADGHPAQQRAWLDLNGAVSHADLAFTGLLDVVRTGRPAYAGRYGRPFWEDLSADVALADSFDALMSCDEDLAYEAPADAYDWSAVRHVLDVGGGNGGMLAAIALRAPHLRGTLVELAGPAERARRRFADAGLADRVTVAEGDFFKPLPVTADVVLLSFVLLNWSDEDALTILRGCVRALEPGGRLLVLDRADVEGDGADRFFSTLLDLRMLTFMGGRVRTRDEVVDLAGSAGLALASERTSGSTTLPFDFSILEFTAVSEEAAPAAQASEALPAQE

来源 Source

来源生物 organism	Streptomyces purpurascens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1924
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	;(7~{S},9~{S})-7-[(2~{R},4~{S},5~{S},6~{S})-4-azanyl-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-9-ethyl-4-methoxy-6,9,11-tris(oxidanyl)-8,10-dihydro-7~{H}-tetracene-5,12-dione ;
分子量 formula_weight	513.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	229

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	79.997 Å
晶胞边长 b length_b	79.997 Å
晶胞边长 c length_c	234.203 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	44.719 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2588

fit	/app/data/saxs_computation/j5/9j56/9j56.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j5/9j56/9j56.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j5/9j56/9j56.dat

Functional Investigation of the SAM-Dependent Methyltransferases Rdmb in Anthracycline Biosynthesis

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction