9jcy

Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD in complex with Fab

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1

Human coronavirus HKU1 (isolate N1)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 323–609	未记录	Heavy chain of Fab × 1 Light chain of Fab × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；293 K；0.2% (w/v) Ala-Ala, 0.2% (w/v) Ala-Gln, 0.2% (w/v) Gly-Glu, 0.2% (w/v) Gly-L-Ala, 0.2% (w/v) Gly-L-Asp, 0.2% (w/v) Gly-Sar, 0.2% (w/v) L-Carnosine, 0.2% (w/v) Leu-Ala hydrate, 0.1 M Buffer System 3 [Tris (base); BICINE] pH 8.5, 20% (v/v) PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20,000; for TMPRSS2:VHH77, 0.2 M sodium malonate pH 6.0, 10% (w/v) Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.80 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9JCY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5GNB Crystal Structure of the Receptor Binding Domain of the Spike Glycoprotein of Human Betacoronavirus HKU1 (HKU1 1A-CTD, 2.3 angstrom, native-SAD phasing) 提交 2016-07-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–677（371 aa）片段：UNP residues 307-677	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1M Tris, 24%PEG4000, 0.2M MgCl2, 4% v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
5KWB Crystal Structure of the Receptor Binding Domain of the Spike Glycoprotein of Human Betacoronavirus HKU1 (HKU1 1A-CTD, 1.9 angstrom, molecular replacement) 提交 2016-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–677（371 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；0.1M Tris, 24%PEG4000, 0.2M MgCl2	分辨率 1.91 Å R-free 0.201
8DGW Crystal structure of HCoV-HKU1 spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC95.108 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 1226–1250（25 aa）片段：stem helix domain, residues 1226-1250	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.248
8DGW Crystal structure of HCoV-HKU1 spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC95.108 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 1226–1250（25 aa）片段：stem helix domain, residues 1226-1250	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.248
8DGW Crystal structure of HCoV-HKU1 spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC95.108 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1226–1250（25 aa）片段：stem helix domain, residues 1226-1250	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.248
8DGW Crystal structure of HCoV-HKU1 spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC95.108 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent 提交 2022-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1226–1250（25 aa）片段：stem helix domain, residues 1226-1250	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Ammonium formate, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.81 Å R-free 0.248
8VGT Structure of the HKU1 RBD bound to the human TMPRSS2 receptor 提交 2023-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–614（295 aa）片段：RBD	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8Y7X Structure of HCoV-HKU1A spike in the functionally anchored-3up conformation with 3TMPRSS2 提交 2024-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 14–1281（1268 aa）链 B 14–1281（1268 aa）链 C 14–1281（1268 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 23	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
8Y7Y Local structure of HCoV-HKU1A spike in complex with TMPRSS2 and glycan 提交 2024-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1281（1268 aa）链 B 14–1281（1268 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 MJJ methyl 9-O-acetyl-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.24 Å
8YOY Structure of HKU1A RBD with TMPRSS2 提交 2024-03-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 307–677（371 aa）片段：RBD domain	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.21 Å
9BSW Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 Spike glycoprotein (DDA state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 36	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.06 Å
9BSX Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (DAA state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å
9BSY Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (DAU state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 31 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
9BSZ Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (AUU state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 32 A1AR2 5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl-(2->8)-5-acetamido-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl-(2->3)-beta-D-galactopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
9BT0 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 Spike glycoprotein (DDD state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.23 Å
9BT1 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (UUU state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 30 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.22 Å
9BT2 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein D1 (Down State, locally refined) 提交 2024-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 1.93 Å
9BT9 Cryo-EM Structure of HKU1 spike D1 Domain (Active state, locally refined) 提交 2024-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.11 Å
9BTA Cryo-EM density map of HKU1 spike glycoprotein D1 domain in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (Down_alt state, locally refined) 提交 2024-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.39 Å
9BTB Cryo-EM density map of HKU1 spike glycoprotein D1 domain in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (Active state, locally refined) 提交 2024-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.33 Å
9BTC Cryo-EM density map of HKU1 spike glycoprotein D1 domain in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (Up state, locally refined) 提交 2024-05-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1223（1210 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.41 Å
9BTD Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein in complex with 9O-acetyl GD3 sialoglycan (DDA state) 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 37 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.43 Å
9IZN Crystal structure of HKU1A RBD bound to TMPRSS2 提交 2024-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 307–677（371 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；2% v/v Tacsimate pH 7.0, 5% v/v 2-Propanol, 0.1 M Imidazole (pH 7.0) and 8% w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
9JCX Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD and TMPRSS2 提交 2024-08-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 323–609（287 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.2 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10% (w/v) Polyethylene glycol 8,000	分辨率 2.75 Å R-free 0.237
9N12 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein (mutant T31VPR34 to GGGG) 提交 2025-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）链 B 14–1298（1285 aa）链 C 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9N13 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein D1 Domain (mutant T31VPR34 to GGGG) 提交 2025-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
9N14 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein in complex with 9OAc-GD3(mutant T31VPR34 to GGGG) 提交 2025-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 B 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298) 链 C 14–1298（1285 aa）片段：ectodomain (UNP residues 14-1298)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 35 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
9N15 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein D1 Domain in complex with 9OAc-GD3(mutant T31VPR34 to GGGG) 提交 2025-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9N16 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein (Deletion 33Pro34Arg) 提交 2025-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）链 B 14–1298（1285 aa）链 C 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9N17 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 glycoprotein D1 Domain (Deletion 33Pro34Arg) 提交 2025-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
9N18 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1 spike glycoprotein in complex with 9OAc-GD3 tetrasacchride (Deletion 33Pro34Arg) 提交 2025-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 14–1298（1285 aa）链 B 14–1298（1285 aa）链 C 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 39 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
9N19 Cryo-EM structure of HCoV-HKU1spike glycoprotein D1 Domain in complex with 9OAc-GD3 tetrasacchride (Deletion 33Pro34Arg) 提交 2025-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 14–1298（1285 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 A1AR1 5-acetamido-8-O-(5-acetamido-9-O-acetyl-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranonosyl)-3,5-dideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
9OPQ TMPRSS2 (S441A) bound to the HCoV-NL63 S2'region genetically fused to the HCoV-HKU1 RBD 提交 2025-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 320–509（190 aa）链 A 511–614（104 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 30 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_CVHN1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–287； UniProt 323–609

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jcy
沉积日期 deposition_date	2024-08-30
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD in complex with Fab
关键词 keywords	Complex, Antibody, HCoV-HKU1, ANTIVIRAL PROTEIN; ANTIVIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.28 Å
零角强度 I(0) i0	105186000.00
分子量 molecular_weight	79239.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97854 Å³
包络体积 envelope_volume	127070 Å³
水化壳体积 shell_volume	32980 Å³
包络直径 envelope_diameter	132.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.82 Å
包络 Rg envelope_rg	35.48 Å
形状 Rg shape_rg	35.23 Å
总 Rg total_rg	35.61 Å
总原子数 total_atoms	5564
残基数 n_residues	724
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.0 Å
Rg (实空间) rg_real	35.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0520e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8350e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	105200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8198
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.555
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.304
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9021000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.733; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.684; Smooth: 0.771

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S1
分子量 formula_weight	34275.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6231

DLPDCDIDKWLNNFNVPSPLNWERKIFSNCNFNLSTLLRLVHTDSFSCNNFDESKIYGSCFKSIVLDKFAIPNSRRSDLQLGSSGFLQSSNYKIDTTSSSCQLYYSLPAINVTINNYNPSSWNRRYGFNNFNLSSHSVVYSRYCFSVNNTFCPCAKPSFASSCKSHKPPSASCPIGTNYRSCESTTVLDHTDWCRCSCLPDPITAYDPRSCSQKKSLVGVGEHCAGFGVDEEKCGVLDGSYNVSCLCSTDAFLGWSYDTCVSNNRCNIFSNFILNGINSGTTCSNDLSGLEVLFQGPGGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Human coronavirus HKU1 (isolate N1)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	443239
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of Fab
分子量 formula_weight	24898.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSSNWWSWVRQPPGKGLEWIGSMHYSGSSHYKPSLKSRIAMSVDTSKNQFSLNLNSVTAADTAVYYCAREGGSSGYDYVYYFDDWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Light chain of Fab
分子量 formula_weight	23343.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPRTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	640

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	50.235 Å
晶胞边长 b length_b	161.286 Å
晶胞边长 c length_c	57.060 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	30.740 Å
R 因子 r_factor	0.1744
R_work r_work	0.1729
R_free r_free	0.2029

fit	/app/data/saxs_computation/jc/9jcy/9jcy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jc/9jcy/9jcy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jc/9jcy/9jcy.dat

Crystal structure of the HCoV-HKU1 RBD in complex with Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)