9joa

PfDXR - Mn2+ - MAMK89 ternary complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.2 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9joa
沉积日期 deposition_date	2024-09-24
最后修订 last_revision	2025-01-01
结构标题 title	PfDXR - Mn2+ - MAMK89 ternary complex
关键词 keywords	Malaria, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.67 Å
零角强度 I(0) i0	130903000.00
分子量 molecular_weight	94682.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119970 Å³
包络体积 envelope_volume	142920 Å³
水化壳体积 shell_volume	39002 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.79 Å
包络 Rg envelope_rg	31.20 Å
形状 Rg shape_rg	30.68 Å
总 Rg total_rg	31.22 Å
总原子数 total_atoms	6639
残基数 n_residues	822
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.68 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0260e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	130900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8882
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.387
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.447
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	43200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.867

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase, apicoplastic
分子量 formula_weight	55829.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7221

MKKYIYIYFFFITITINDLVINNTSKCVSIERRKNNAYINYGIGYNGPDNKITKSRRCKRIKLCKKDLIDIGAIKKPINVAIFGSTGSIGTNALNIIRECNKIENVFNVKALYVNKSVNELYEQAREFLPEYLCIHDKSVYEELKELVKNIKDYKPIILCGDEGMKEICSSNSIDKIVIGIDSFQGLYSTMYAIMNNKIVALANKESIVSAGFFLKKLLNIHKNAKIIPVDSEHSAIFQCLDNNKVLKTKCLQDNFSKINNINKIFLCSSGGPFQNLTMDELKNVTSENALKHPKWKMGKKITIDSATMMNKGLEVIETHFLFDVDYNDIEVIVHKECIIHSCVEFIDKSVISQMYYPDMQIPILYSLTWPDRIKTNLKPLDLAQVSTLTFHKPSLEHFPCIKLAYQAGIKGNFYPTVLNASNEIANNLFLNNKIKYFDISSIISQVLESFNSQKVSENSEDLMKQILQIHSWAKDKATDIYNKHNSS

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum HB3
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	137071
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	[(1~{S})-4-oxidanylidene-4-[oxidanyl(3-phenylpropyl)amino]-1-phenyl-butyl]phosphonic acid
分子量 formula_weight	377.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	582

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.637 Å
晶胞边长 b length_b	77.022 Å
晶胞边长 c length_c	111.275 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	63.310 Å
R 因子 r_factor	0.1725
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.2005

fit	/app/data/saxs_computation/jo/9joa/9joa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jo/9joa/9joa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jo/9joa/9joa.dat