9jpj

Crystal structure of DhdR in complex with DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 159.8 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jpj
沉积日期 deposition_date	2024-09-26
结构标题 title	Crystal structure of DhdR in complex with DNA
关键词 keywords	Transcriptional regulator, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	47.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	48.41 Å
零角强度 I(0) i0	821426000.00
分子量 molecular_weight	205820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	244840 Å³
包络体积 envelope_volume	387250 Å³
水化壳体积 shell_volume	68314 Å³
包络直径 envelope_diameter	170.1 Å
壳层 Rg shell_rg	50.77 Å
包络 Rg envelope_rg	47.21 Å
形状 Rg shape_rg	48.46 Å
总 Rg total_rg	48.35 Å
总原子数 total_atoms	14339
残基数 n_residues	1811
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	159.8 Å
Rg (实空间) rg_real	47.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.2140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	47.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	821200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6282
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	53.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.439
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.1650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	33370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	34
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.006; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.606

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8365.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,A
原子数 atom_count	14339

AAAGTTATCAGATAACCTGAAAAGTAG

来源 Source

来源生物 organism	Achromobacter denitrificans NBRC 15125
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1255278
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8222.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,B

CTACTTTTCAGGTTATCTGATAACTTT

来源 Source

来源生物 organism	Achromobacter denitrificans NBRC 15125
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1255278
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Pyruvate dehydrogenase complex repressor
分子量 formula_weight	25587.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D,E,F,I,J,K,L

MLSKSLTLTEQVARQIAGDIAEGVHSVGAKLPPGRVLAEQYGVSAAVIREATERLRAQGLIQSRQGSGSVVVSRTGAQGFQVSAGLDDREQLASVYELRMELEGGAAALAARRRNATDLAAMAEALAALEANLDHPEQGVEHDIAFHVAIAAATHNRYYQDLLQYLNLQLRLAVSTARTNSRRQEGLTAVVHQEHVAVYDAILAGDPDRARLAATRHLQQAASRLRLDLLSPAARQTS

来源 Source

来源生物 organism	Achromobacter denitrificans NBRC 15125
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1255278
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	80.456 Å
晶胞边长 b length_b	87.044 Å
晶胞边长 c length_c	133.884 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	91.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	117.55 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.720 Å
最低分辨率 resolution_low	39.260 Å
R 因子 r_factor	0.2526
R_work r_work	0.2501
R_free r_free	0.2986

fit	/app/data/saxs_computation/jp/9jpj/9jpj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jp/9jpj/9jpj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jp/9jpj/9jpj.dat

Crystal structure of DhdR in complex with DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)