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9jqy

Structural Insights into Selective Antagonism of TG6-129 and EP4 Prostaglandin Receptor

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 132.5 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GFP-like fluorescent chromoprotein,Prostaglandin E2 receptor EP4 subtype

Homo sapiens

UniProt P35408

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2–366 未记录 Heavy chain of Fab fragment × 1 Light chain of Fab fragment × 1 A1EC5 ~{N}-[[4-[(5-ethyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)sulfamoyl]phenyl]carbamothioyl]-3-(4-fluorophenyl)propanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.92 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9JQY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5YHL Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in complex with Fab and an antagonist Br-derivative 提交 2017-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 4–366（363 aa） 片段：UNP RESIDUES 4-217, 260-366
突变：N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion 8VL 4-[2-[[(2R)-2-(4-bromanylnaphthalen-1-yl)propanoyl]amino]-4-cyano-phenyl]butanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；24-31% PEG 300, 150 mM potassium sulfate, 100 mM MES (pH 5.5-6.5), 1% 1,2,3-heptanetriol, 0.2 mM ONO-AE3-208-Br, 2% DMSO
分辨率 4.20 Å R-free 0.359
5YWY Crystal structure of the human prostaglandin E receptor EP4 in complex with Fab and ONO-AE3-208 提交 2017-11-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 4–217（214 aa）
链 A 260–366（107 aa）
突变：N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion,N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion 突变：N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion,N7Q, A62L, G106R, N177Q, 218-259 deletion 7UR 4-[4-cyano-2-[[(2R)-2-(4-fluoranylnaphthalen-1-yl)propanoyl]amino]phenyl]butanoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；24-31% PEG 300, 150 mM potassium sulfate, 100 mM MES pH 5.5-6.5, 1% 1,2,3-heptantoriol
分辨率 3.20 Å R-free 0.252
7D7M Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein 提交 2020-10-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 4–217（214 aa）
链 A 260–366（107 aa）
突变：N7Q, N177Q, 218-259 deletion 突变：N7Q, N177Q, 218-259 deletion P2E (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot Force 10, Blot Time 3.5 sec, 3 microL apply
分辨率 3.30 Å
8GCM Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E Receptor EP4 Coupled to G Protein 提交 2023-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–488（488 aa）
未记录 YX9 (5S)-5-[(3R)-4,4-difluoro-3-hydroxy-4-phenylbutyl]-1-[6-(1H-tetrazol-5-yl)hexyl]pyrrolidin-2-one × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8GCP Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E2 Receptor 4 Coupled to G Protein 提交 2023-03-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–488（488 aa）
未记录 P2E (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8GD9 Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E2 Receptor 4 Coupled to G Protein 提交 2023-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–488（488 aa）
未记录 Z2C 4-({2-[(1R,2R,3R,5S)-3,5-dihydroxy-2-{(3S)-3-hydroxy-4-[3-(methoxymethyl)phenyl]butyl}cyclopentyl]ethyl}sulfanyl)butanoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8GDA Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E2 Receptor 4 Coupled to G Protein 提交 2023-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–488（488 aa）
未记录 YZV (2S,5R)-5-[(1E,3S)-4,4-difluoro-3-hydroxy-4-phenylbut-1-en-1-yl]-1-[6-(1H-tetrazol-5-yl)hexyl]pyrrolidin-2-ol × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8GDB Cryo-EM Structure of the Prostaglandin E2 Receptor 4 Coupled to G Protein 提交 2023-03-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 1–488（488 aa）
未记录 P2E (Z)-7-[(1R,2R,3R)-3-hydroxy-2-[(E,3S)-3-hydroxyoct-1-enyl]-5-oxo-cyclopentyl]hept-5-enoic acid × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JQZ Structural Insights into Selective Antagonism Grapiprant and EP4 Prostaglandin Receptor 提交 2024-09-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 2–366（365 aa）
突变：T228A,N232Q,A287L,G331R,N402Q A1ECR Grapiprant × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.3
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.65 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PE2R4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 227–549； UniProt 2–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9jqy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9jqy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9jqy
沉积日期 deposition_date2024-09-28
结构标题 titleStructural Insights into Selective Antagonism of TG6-129 and EP4 Prostaglandin Receptor
关键词 keywordsGPCR, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.44 Å
零角强度 I(0) i0166081000.00
分子量 molecular_weight70486.0 kDa
排除体积 excluded_volume68879 ų
包络体积 envelope_volume132030 ų
水化壳体积 shell_volume33042 ų
包络直径 envelope_diameter139.6 Å
壳层 Rg shell_rg37.72 Å
包络 Rg envelope_rg38.27 Å
形状 Rg shape_rg37.43 Å
总 Rg total_rg37.46 Å
总原子数 total_atoms5338
残基数 n_residues682
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax132.5 Å
Rg (实空间) rg_real37.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.84 Å
I(0) (实空间) i0_real1.6610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2180e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.08 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal166000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7223
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.8 Å
偏度 Skewness skewness0.703
峰度 Kurtosis kurtosis-0.140
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9082000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.506; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.278; Smooth: 0.593
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)