SAXSdb — 9js6

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9js6
沉积日期 deposition_date	2024-09-30
结构标题 title	cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus
关键词 keywords	COMPLEX, VIRUS, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	63.61 Å
零角强度 I(0) i0	871514000.00
分子量 molecular_weight	243300.0 kDa
排除体积 excluded_volume	296660 Å³
包络体积 envelope_volume	423460 Å³
水化壳体积 shell_volume	60017 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.2 Å
壳层 Rg shell_rg	60.83 Å
包络 Rg envelope_rg	57.25 Å
形状 Rg shape_rg	64.01 Å
总 Rg total_rg	63.55 Å
总原子数 total_atoms	—
残基数 n_residues	—
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	180.2 Å
Rg (实空间) rg_real	62.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.7150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	872000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8291
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	93.7 Å
偏度 Skewness skewness	-0.050
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.748
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0009
最高正则化参数 α highest_alpha	33420000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.005

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Envelope protein E
分子量 formula_weight	54330.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	2229

RCIGVSNRDFVEGMSGGTWVDVVLEHGGCVTVMAQDKPTVDIELVTTTVSNMAEVRSYCYEASISDMASDSRCPTQGEAYLDKQSDTQYVCKRTLVDRGWGNGCGLFGKGSLVTCAKFACSKKMTGKSIQPENLEYRIMLSVHGSQHSGMIVNDTGHETDENRAKVEITPNSPRAEATLGGFGSLGLDCEPRTGLDFSDLYYLTMNNKHWLVHKEWFHDIPLPWHAGADTGTPHWNNKEALVEFKDAHAKRQTVVVLGSQEGAVHTALAGALEAEMDGAKGRLSSGHLKCRLKMDKLRLKGVSYSLCTAAFTFTKIPAETLHGTVTVEVQYAGTDGPCKVPAQMAVDMQTLTPVGRLITANPVITESTENSKMMLELDPPFGDSYIVIGVGEKKITHHWHRSGSTIGKAFEATVRGAKRMAVLGDTAWDFGSVGGALNSLGKGIHQIFGAAFKSLFGGMSWFSQILIGTLLMWLGLNTKNGSISLMCLALGGVLIFLSTAVSA

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2043570
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Genome polyprotein
分子量 formula_weight	18561.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.91,3.6.1.15,3.6.4.13,2.1.1.56,2.1.1.57,2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

RGSAYYMYLDRNDAGEAISFPTTLGMNKCYIQIMDLGHMCDATMSYECPMLDEGVEPDDVDCWCNTTSTWVVYGTCHHKKGEARRSRRAVTLPSHSTRKLQTRSQTWLESREYTKHLIRVENWIFRNPGFALAAAAIAWLLGSSTSQKVIYLVMILLIAPAYS

来源 Source

来源生物 organism	Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2043570
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	antibody heavy chain
分子量 formula_weight	13392.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVHLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFDTYAMSWVRQPPGKGLEWVSAISTGGGSKYYADSVKGRLTISRDNSQNTLYLQMSSLRADDTAVYYCARSDFWRSGRYYYYMDVWGRGTTVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	antibody light chain
分子量 formula_weight	11501.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

SALTQPASVSASPGQSITISCTGTHFDIVDYDYLSWYQQHPGNAPKLLIYGVSNRPSGVSSRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEGDYYCSSYSISSTLLVFGGGTKLSVV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	12080

fit	/app/data/saxs_computation/js/9js6/9js6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/js/9js6/9js6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/js/9js6/9js6.dat

cryoEM of antibody complexed with immature Zika virus

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)