SAXSdb — 9jtc

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jtc
沉积日期 deposition_date	2024-10-03
结构标题 title	Cryo-EM structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15
关键词 keywords	cryo-EM, UBA7, UBE2L6, ISG15, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.90 Å
零角强度 I(0) i0	261779000.00
分子量 molecular_weight	129940.0 kDa
排除体积 excluded_volume	162640 Å³
包络体积 envelope_volume	212670 Å³
水化壳体积 shell_volume	51362 Å³
包络直径 envelope_diameter	108.1 Å
壳层 Rg shell_rg	41.53 Å
包络 Rg envelope_rg	33.25 Å
形状 Rg shape_rg	33.90 Å
总 Rg total_rg	34.47 Å
总原子数 total_atoms	9158
残基数 n_residues	1163
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	109.3 Å
Rg (实空间) rg_real	34.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0380e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	261800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9053
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.160
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.557
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	55640000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.959

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	UBA7 protein
分子量 formula_weight	110119.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9158

MDTLETSKLLDKELYSRQLYVLGLPAMQRIQGAKVLLSGLQGLGAEVAKNLVLMGVGSLTLHDPHPTCWSDLAAQFLLSEQDLGRSRAEASQKLLAELNGAVQVSVYTGDITKDLLLDFQVVVLTASRLEEQLRVGTLCHEHGVCFLVADTRGLVGQLFCDFGENFTVQDPTEAEPLTANIQHISQGSPGILTLREEAGTHHFHTGDWVTFSGIEGMVELNGCDPRPLHVREDGTLEIGDTTAFSCYLRGGAVTEVKRAKTVSHEPLDTALLQPRVVAQSAQKVRARCLHQSFRALHKFQQLHGRPPKPWDPVDAEMVVDLAQAMGPLKGTEGEPLEEQLDEALVRTVALSSAGGLSPMAAVLGAVAAQEVLKAISGKFMPLDQWLYFDALDCLPEDGDPFPNPEDCAPRRCRYDGQTAVFGTNFQEKLSHQHYLLVGAGAVGCELLKSFALMGLGAGDGGGVTVADMDHVELSNLSRQFLFRSQDIHRKKAEVAAEATRRLNADLQVTPLNLQLDPTTEDIFGDDFFSGVNGVAAALDTFEARDYVAARCTHFLKPLLEAGTMGTRGSASVFIPHVTENYKAPSDAASEDAPDPVCTVRYIPATTEHTVQWAKGEFDDLFCESAKTINSHPQALSSPEDLVKSQKQPLLQTMRGVLTERPQTWQDCVLWAFGHWQLRFHYGITQLLRTYPPDKVQEDGTPFWSGPKQCPQPLKFDASQDMHLLYVLAAANLYAQMHGLPGSQDQTALRGLLNLLPLPDPQNLDRIFASELELDSPSGCKQLHEDLKTWSKGPPLKPLTFEKDNDSNFHVDFVVAAASLRAQNYGIPVASHAETKRIVGRIIPAVVTTTAAVAGLVGLELYKVVGGPRPRHAFRHSYLHLAENYFSRWVPKAPDIQKFHHLKWTCWDRLEVPAGQPERTLESLLAHIQELQGLRVTMLLHGSALLYSAGWSEEKQTQHLSRRVTDLVKKVPGQRVLVLELGYEGEEDDTNFPRLHYKL

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
分子量 formula_weight	18597.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAASKRVAKELEDLQKELPKYLRNLSSEEDNVLVWHALLLPERPPYNLKAFRLSISFPREYPFQPPTVKFTTRIYHPNVDRDGRVCLPIISKKNWKASTRTSQVLEALNMLVNQPEPGQPVRLELAEQLTQDPELFDQMAQEFTLQFGVDRPSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-like protein ISG15
分子量 formula_weight	17330.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MGGDLTVKMLGGQEILVPLRDSMTVSELKQFIAQKINVPAFQQRLAHLDSREVLQEGVPLVLQGLRAGSTVLLVVQNCISILVRNDKGRSSPYEVQLKQTVAELKQQVCQKERVQADQFWLSFEGRPMDDEHPLEEYGLMKGCTVFMNLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	domestic cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	176617

fit	/app/data/saxs_computation/jt/9jtc/9jtc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jt/9jtc/9jtc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jt/9jtc/9jtc.dat

Cryo-EM structure of bovine UBA7-UBE2L6-ISG15

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)