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9k43

Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 114.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Arabidopsis thaliana

UniProt P59226

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136 未记录 Histone H4 × 2 （P59259） Probable histone H2A variant 3 × 2 （Q9C944） Histone H2B.1 × 2 （Q9LQQ4） Widom 601 DNA (147-MER) × 1 Widom 601 DNA (147-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

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其他 PDB 相对当前条目 9K43 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4IUR crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me3 peptide 提交 2013-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–16（15 aa） 片段：H3(1-15) K9me3 peptide (unp residues 2-16)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.256
4IUT crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me2 peptide 提交 2013-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–16（15 aa） 片段：H3(1-15) K9me2 peptide (unp residues 2-16)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.248
4IUU Crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K9me1 peptide 提交 2013-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–16（15 aa） 片段：H3(1-15) K9me1 peptide (unp residues 2-16)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.70 Å R-free 0.269
4IUV crystal structure of SHH1 SAWADEE domain in complex with H3K4me1K9me1 peptide 提交 2013-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–16（15 aa） 片段：H3(1-15)K4me1K9me1 peptide (unp residues 2-16)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 CVM CYMAL-4 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M NH4F, 20% PEG 3350, 7.6 mM 4-Cyclohexyl-1-Butyl-D-Maltoside , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.253
5VAH Crystal structure of ATXR5 SET domain in complex with histone H3 di-methylated on R26 提交 2017-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 22–36（15 aa） 片段：residues 22-36
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
分辨率 2.40 Å R-free 0.281
5VAH Crystal structure of ATXR5 SET domain in complex with histone H3 di-methylated on R26 提交 2017-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 22–36（15 aa） 片段：residues 22-36
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 5% DMSO, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 6.0)
分辨率 2.40 Å R-free 0.281
5VBC Crystal structure of ATXR5 in complex with histone H3.1 提交 2017-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 24–37（14 aa） 片段：residues 24-37
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 100mM Na-Hepes pH 6.0 and 5% DMSO
分辨率 2.10 Å R-free 0.234
5VBC Crystal structure of ATXR5 in complex with histone H3.1 提交 2017-03-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 24–37（14 aa） 片段：residues 24-37
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；50% polypropylene glycol 400, 100mM Na-Hepes pH 6.0 and 5% DMSO
分辨率 2.10 Å R-free 0.234
5YKO Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ14 catalytic domain in complex with NOG and H3K4me3 peptide 提交 2017-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Na2SO4, 20% PEG 3350, 0.1M bis-tris propane, pH 6.5
分辨率 2.90 Å R-free 0.244
5Z8L crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 21–36（16 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.2M sodium acetate, 20% PEG 3350
分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5Z8N Crystal structure of Arabidopsis thaliana EBS C-terminal deletion construct in complex with an H3K4me2 peptide 提交 2018-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MES, pH 6.5, 40% PEG 200
分辨率 3.10 Å R-free 0.252
5ZNP Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
5ZNP Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M potassium acetate, 20% PEG 3350
分辨率 2.80 Å R-free 0.293
5ZNR Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 21–37（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.232
5ZNR Crystal structure of PtSHL in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2018-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 21–37（17 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 10.5；277 K；0.2 M lithium sulfate, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M CAPS, pH 10.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.232
5ZWX Crystal structure of Raphanus sativus AGDP1 AGD12 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2018-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.211
5ZWX Crystal structure of Raphanus sativus AGDP1 AGD12 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2018-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；15% PEG 20000, 0.1M MES, pH 6.5
分辨率 1.90 Å R-free 0.211
6IP4 Crystal structure of Arabidopsis thaliana JMJ13 catalytic domain in complex with NOG and an H3K27me3 peptide 提交 2018-11-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 25–36（12 aa） 片段：UNP residues 25-36
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 SO4 SULFATE ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M MES, pH 6.5, 8% dioxane, and 1.6M ammonium sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.246
6LQE Crystal structure of Arabidopsis ARID5 PHD finger in complex with H3K4me3 peptide 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 30% PEG 300
分辨率 1.90 Å R-free 0.241
6LQF Crystal structure of Arabidopsis ARID5 ARID-PHD cassette in complex with H3K4me3 peptide and DNA 提交 2020-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5；298 K；0.1 M sodium acetate, pH 5.0, 15% MPD
分辨率 1.50 Å R-free 0.192
7CCE crystal structure of Arabidopsis AIPP3 BAH domain in complex with an H3K27me3 peptide 提交 2020-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 21–38（18 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, and 2.4 M ammonium sulfate
分辨率 2.40 Å R-free 0.266
7DE9 crystal structure of Arabidopsis RDM15 tudor domain in complex with an H3K4me1 peptide 提交 2020-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG 1000
分辨率 1.71 Å R-free 0.202
7T7T Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 提交 2021-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 W 2–46（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294.15 K；25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6
分辨率 3.17 Å R-free 0.318
7T7T Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 提交 2021-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 X 2–46（45 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294.15 K；25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6
分辨率 3.17 Å R-free 0.318
7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0
分辨率 2.31 Å R-free 0.271
7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0
分辨率 2.31 Å R-free 0.271
7YTA crystal structure of NtAGDP3 AGD1-2 in complex with an H3K9me2 peptide 提交 2022-08-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 R 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；25% PEG 1500, 0.1 M sodium chloride and 0.1 M bis-Tris propane, pH 9.0
分辨率 2.31 Å R-free 0.271
8J90 Cryo-EM structure of DDM1-nucleosome complex 提交 2023-05-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.71 Å
8J91 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana histones 提交 2023-05-02 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8J92 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana H2A.W 提交 2023-05-02 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8JG4 Crystal Structure of YAF9A YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 25–32（8 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 25% PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.212
8JG4 Crystal Structure of YAF9A YEATS bound to H3K27cr peptide 提交 2023-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 25–32（8 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4, 25% PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.212
8KCB Complex of DDM1-nucleosome(H2A) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 1–136（136 aa）
链 F 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8KCC Complex of DDM1-nucleosome(H2A.W) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 1–136（136 aa）
链 F 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8WH5 Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state 提交 2023-09-22 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8WH8 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP state 提交 2023-09-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8WH9 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state 提交 2023-09-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8WHA Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 提交 2023-09-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8WHB Structure of nucleosome core particle of Arabidopsis thaliana 提交 2023-09-23 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9K41 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9M4R crystal structure of Arabidopsis thaliana ING1 PHD finger in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2025-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40% PEG400, 5% PEG3000, and 0.1M MES, pH 6.0
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
9M4S crystal structure of Arabidopsis thaliana ING2 PHD finger in complex with an H3K4me3 peptide 提交 2025-03-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M NiCl2, 20% PEG2000 MME, and 0.1M Tris, pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.225

共 36 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H31_ARATH
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Arabidopsis thaliana

UniProt P59259

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–103 链 F； UniProt 1–103 未记录 Histone H3.1 × 2 （P59226） Probable histone H2A variant 3 × 2 （Q9C944） Histone H2B.1 × 2 （Q9LQQ4） Widom 601 DNA (147-MER) × 1 Widom 601 DNA (147-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9K43 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8J90 Cryo-EM structure of DDM1-nucleosome complex 提交 2023-05-02 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.71 Å
8J91 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana histones 提交 2023-05-02 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8J92 Cryo-EM structure of nucleosome containing Arabidopsis thaliana H2A.W 提交 2023-05-02 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KCB Complex of DDM1-nucleosome(H2A) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 G 1–103（103 aa）
链 H 1–103（103 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
8KCC Complex of DDM1-nucleosome(H2A.W) complex with DDM1 bound to SHL2 提交 2023-08-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 G 1–103（103 aa）
链 H 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8WH5 Structure of DDM1-nucleosome complex in the apo state 提交 2023-09-22 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8WH8 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP state 提交 2023-09-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8WH9 Structure of DDM1-nucleosome complex in ADP-BeFx state 提交 2023-09-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.31 Å
8WHA Structure of DDM1-nucleosome complex in the ADP-BeFx state with DDM1 bound to SHL2 and SHL-2 提交 2023-09-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.05 Å
8WHB Structure of nucleosome core particle of Arabidopsis thaliana 提交 2023-09-23 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.17 Å
9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9K41 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9K44 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9K45 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9K46 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_ARATH
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Probable histone H2A variant 3

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9C944

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–134 链 G； UniProt 1–134 未记录 Histone H3.1 × 2 （P59226） Histone H4 × 2 （P59259） Histone H2B.1 × 2 （Q9LQQ4） Widom 601 DNA (147-MER) × 1 Widom 601 DNA (147-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9K43 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–134（134 aa）
链 G 1–134（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9K45 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–134（134 aa）
链 G 1–134（134 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2AV3_ARATH
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134 作者链 G； PDB构建体 1–134； UniProt 1–134

Histone H2B.1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9LQQ4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–148 链 H； UniProt 1–148 未记录 Histone H3.1 × 2 （P59226） Histone H4 × 2 （P59259） Probable histone H2A variant 3 × 2 （Q9C944） Widom 601 DNA (147-MER) × 1 Widom 601 DNA (147-MER) × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9K43 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6M2M A role for histone chaperone OsChz1 in histone recognition and deposition 提交 2020-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric
链 B 51–148（98 aa）
链 D 51–148（98 aa）
链 F 51–148（98 aa）
链 H 51–148（98 aa）
链 J 51–148（98 aa）
链 L 51–148（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；0.2M Sodium citrate,0.1M Tris-HCl pH 8.5, 30%(w/v)
分辨率 2.85 Å R-free 0.253
7BP2 Structural mechanism directing nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 51–148（98 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium sulphate 0.1M Bis Tris propane pH 7.5 20% w/v PEG 3350
分辨率 1.58 Å R-free 0.186
7BP2 Structural mechanism directing nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 51–148（98 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 5 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2M Sodium sulphate 0.1M Bis Tris propane pH 7.5 20% w/v PEG 3350
分辨率 1.58 Å R-free 0.186
7BP4 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 H 51–148（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；0.7 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.07 M sodium citrate and 30% (v/v) glycerol (pH 5.6)
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
7BP4 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 51–148（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；290 K；0.7 M ammonium dihydrogen phosphate, 0.07 M sodium citrate and 30% (v/v) glycerol (pH 5.6)
分辨率 2.10 Å R-free 0.226
7BP5 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 51–148（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；290 K；0.2 M sodium acetate, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.216
7BP6 Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-03-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 51–148（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；290 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M Bis-Tris propane and 20% (w/v) PEG 3350 (pH 8.5)
分辨率 1.58 Å R-free 0.200
7C7X Structural insights into nucleosome reorganization by NAP1-RELATED PROTEIN 1 (NRP1) 提交 2020-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 51–148（98 aa）
链 D 51–148（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1 M NaCl, 0.1 M sodium cacodylate, 30% (v/v) PEG 600, 10% (v/v) glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.262
9K3Z Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.75 Å
9K40 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9K41 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.81 Å
9K42 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.14 Å
9K44 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9K45 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.71 Å
9K46 Cryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.W-H3.3-nucleosome with Arabidopsis native 147bp DNA 15.2.2 (C2 symmetry) 提交 2024-10-21 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–148（148 aa）
链 H 1–148（148 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.85 Å

共 13 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1_ARATH
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148 作者链 H； PDB构建体 1–148； UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9k43

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9k43
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9k43
沉积日期 deposition_date2024-10-21
结构标题 titleCryo-EM structure of Arabidopsis thaliana H2A.Z-nucleosome with 147bp Widom 601 DNA (C2 symmetry)
关键词 keywordsnucleosome, histone, H2A.Z, Arabidopsis, NUCLEAR PROTEIN/DNA, NUCLEAR PROTEIN-DNA complex; NUCLEAR PROTEIN/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.34 Å
零角强度 I(0) i0803591000.00
分子量 molecular_weight173180.0 kDa
排除体积 excluded_volume192180 ų
包络体积 envelope_volume287760 ų
水化壳体积 shell_volume62568 ų
包络直径 envelope_diameter116.4 Å
壳层 Rg shell_rg45.13 Å
包络 Rg envelope_rg36.67 Å
形状 Rg shape_rg37.18 Å
总 Rg total_rg38.06 Å
总原子数 total_atoms11814
残基数 n_residues1034
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.3 Å
Rg (实空间) rg_real39.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real8.0360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2730e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal803800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8750
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.9 Å
偏度 Skewness skewness0.058
峰度 Kurtosis kurtosis-0.703
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50030000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.411
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)